| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,318,583 | Δ1 bp | 5.3% | coding (487/1017 nt) | ilvC ← | ketol‑acid reductoisomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,318,583 | 0 | C | . | 5.3% | 1096.7 / 52.4 | 323 | coding (487/1017 nt) | ilvC | ketol‑acid reductoisomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (148/158); new base . (11/6); total (159/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTGGTTG > NC_002947/5318434‑5318731 | cGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCt < 2:4080810/150‑1 (MQ=255) aaaCCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTg < 2:2350029/150‑1 (MQ=255) ccGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCg > 2:7032417/1‑150 (MQ=255) 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tACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCa > 1:1948855/1‑150 (MQ=255) aCGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCAt < 1:4226363/150‑1 (MQ=255) gCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGAt < 2:5888729/150‑1 (MQ=255) ccaccaCCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATc > 2:7682129/1‑150 (MQ=255) caccacCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCa > 2:2884424/1‑150 (MQ=255) accTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTc > 1:5102773/1‑150 (MQ=255) accTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTc < 2:3813546/150‑1 (MQ=255) tACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAg < 1:1333718/150‑1 (MQ=255) tACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAg > 2:3702271/1‑150 (MQ=255) ccGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCgg > 1:6142356/1‑150 (MQ=255) ccGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCgg < 2:6823843/150‑1 (MQ=255) gCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCAcgc < 2:8059705/150‑1 (MQ=255) tAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGa > 1:6039335/1‑150 (MQ=255) tAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGa > 1:7376368/1‑150 (MQ=255) cAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGaacaac < 1:3429521/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGaacaac < 1:5831919/150‑1 (MQ=255) aGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAAcc < 2:5281164/150‑1 (MQ=255) aGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAAcc < 2:244211/150‑1 (MQ=255) aGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAAcc > 1:8867089/1‑150 (MQ=255) aGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAAcc > 1:2698714/1‑150 (MQ=255) tGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTg < 1:7705771/150‑1 (MQ=255) tGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTg < 2:4896833/150‑1 (MQ=255) tGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTg < 1:7032417/150‑1 (MQ=255) gACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCa < 1:7162118/113‑1 (MQ=255) gACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCa > 2:7162118/1‑113 (MQ=255) aCGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTGGTTg < 1:4431872/150‑1 (MQ=255) | GGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTGGTTG > NC_002947/5318434‑5318731 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |