Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,999,172 | Δ1 bp | 16.7% | intergenic (‑163/+37) | PP_5252 ← / ← PP_5253 | hypothetical protein/arylesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,999,172 | 0 | C | . | 16.7% | 557.4 / 133.5 | 210 | intergenic (‑163/+37) | PP_5252/PP_5253 | hypothetical protein/arylesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/92); new base . (17/18); total (98/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.01e-03 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TAGGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGAATCAGCTCC > NC_002947/5999023‑5999320 | aGGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCt < 1:4135959/150‑1 (MQ=255) aGGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCt < 1:7628840/150‑1 (MQ=255) ggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTa < 1:130756/150‑1 (MQ=255) 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aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CCGTCTGTAGGAGCgg < 2:2998488/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCgg < 2:8641628/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCgg < 1:8425612/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACAGCGAAGCATGCCGGTTGATGCTTGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCTTTGTGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCATGCTTTTTTCTGACTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GTCTTTGTTGGAGCgg < 2:1443423/150‑1 (MQ=37) gggggACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGACGT‑TGTAGGAGCggg < 1:7080411/150‑1 (MQ=255) 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gCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAAATAACGCt > 1:6596818/1‑150 (MQ=255) gCCGGGGCTTGAATGGAGGGGGGGGGGGTTGAAAAAGGTTCGCCCGGGTCAAGCTTTTTGCTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGGGGGTAAACCCGCCCCTACA‑CGGTCTGTCGGAGGGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCt < 1:4948039/150‑1 (MQ=255) cTGGGCTTTAATGTATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTGCGCCCTGGCCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CCGTCTGTCGGAGGGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGa < 1:3154647/150‑1 (MQ=38) cTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGa < 2:5917524/150‑1 (MQ=255) cTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGa < 1:1500842/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |