| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,588,042:1 | +C | 7.6% | intergenic (+159/+58) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,588,042 | 1 | . | C | 7.6% | 886.1 / 65.4 | 210 | intergenic (+159/+58) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (99/95); new base C (7/9); total (106/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
ACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGT > NC_002947/4587893‑4588191 | aCGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATgc < 1:7345148/150‑1 (MQ=255) ggCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATgc‑gg < 1:4668042/150‑1 (MQ=255) ggCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATgc‑gg < 1:6289843/150‑1 (MQ=255) cACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATgc‑ggcg < 1:6698056/150‑1 (MQ=255) aCCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑Ggcgc < 2:1353754/150‑1 (MQ=255) gaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGc > 2:6888901‑M1/85‑150 (MQ=255) ccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGccc > 1:8393690‑M1/83‑150 (MQ=255) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccc > 1:4460601‑M2/1‑147 (MQ=255) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccc > 1:164561‑M2/1‑147 (MQ=255) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccc > 1:164870‑M2/1‑147 (MQ=255) cggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGcccc > 1:8115702‑M1/82‑150 (MQ=255) cggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGcccc > 1:8947870‑M1/82‑150 (MQ=255) cggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGcccc > 2:1580610‑M1/82‑150 (MQ=255) ggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCt > 1:1469811‑M1/81‑150 (MQ=255) gcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGATAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTg > 1:7937008‑M1/80‑150 (MQ=255) gcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGATAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTg > 1:3320513‑M1/80‑150 (MQ=255) caaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg > 1:7100226‑M1/79‑150 (MQ=255) caaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg > 1:1089‑M1/79‑150 (MQ=255) caaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg > 2:358465‑M1/79‑150 (MQ=255) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCGCTTCGCGGGGTAAACCCCCCCAAACAAGGGACC‑AGGCGCCCCTGAATTC‑GGGGCAGCCCCggg > 1:4558683/1‑150 (MQ=255) aaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGt > 2:8687005‑M1/78‑150 (MQ=255) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTa > 2:5036285‑M1/77‑150 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCGCTTCGCCGGGGAAACCC‑CTCCAACCAGGGACCGTGCCCGCCGTGGATGC‑GGCCCTGCcccagggtg < 2:5447177‑M2/150‑10 (MQ=255) 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tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgg > 1:8027138‑M2/1‑135 (MQ=255) cTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcggg > 1:582067‑M2/1‑134 (MQ=255) cTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcggg > 2:7099468‑M2/1‑134 (MQ=255) gcgcGGCTCCATGGCCCGGTTGAGGCTGACCGGGTGCGTGGCACGGGGAAGATCTTGCATGGAGCGGGCCGGCCTCGTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCGACCCGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtt > 2:5002738‑M2/1‑132 (MQ=255) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccg > 2:2001841‑M2/1‑126 (MQ=255) 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gggACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag > 1:2111393‑M2/1‑31 (MQ=255) gggACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag > 1:2112345‑M2/1‑31 (MQ=255) gggACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag < 2:2111393‑M2/129‑99 (MQ=255) GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCg < 1:2386925‑M1/150‑1 (MQ=255) GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCg < 1:5426656‑M1/150‑1 (MQ=255) GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCg > 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cGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCGGTccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagc < 1:4925528‑M2/138‑113 (MQ=255) cGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCGGTccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagc > 2:4925528‑M2/1‑26 (MQ=255) tGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAACACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacgg > 1:8693916/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCGGTccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtg < 1:876155‑M2/150‑127 (MQ=255) ccTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCg > 2:4159060/1‑150 (MQ=255) 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ACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGT > NC_002947/4587893‑4588191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |