| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5905747 | 166 (0.600) | 19 (0.070) | 11/256 | NT | 11.8% | intergenic (+25/+82) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | = 5905809 | 130 (0.510) | intergenic (+87/+20) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
TACCAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5905591‑5905747‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttc‑gcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCCAGCCCTCA < NC_002947/5905809‑5905661 TACCAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC > 2:969130/1‑150TACCAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC < 2:7332632/150‑1 CAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCG < 2:3284018/150‑1 CAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCG > 2:9126440/1‑150 CAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCG > 2:5219382/1‑150 CAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCG > 1:1205760/1‑150 AGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGG < 2:4737766/150‑1 AGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGG < 1:807847/150‑1 GGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGG < 1:8770874/150‑1 GACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGC < 2:8138328/150‑1 GACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGC < 1:7378098/150‑1 GACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGC < 2:1572387/150‑1 CCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTG < 2:6773029/150‑1 CCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTG < 2:6772874/150‑1 TTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCC < 2:2339321/150‑1 TTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCC < 2:6956621/150‑1 TTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCG > 2:6153410/1‑98 TTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCG < 1:6153410/98‑1 TGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTG < 2:8404293/150‑1 TGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTG < 2:7010312/150‑1 TGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTG < 1:8486213/150‑1 TGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTG < 2:8517795/150‑1 GCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGG < 2:5545899/150‑1 CAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGA < 1:6966072/150‑1 ATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGC < 1:7456561/150‑1 ATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGC < 2:3517216/150‑1 tCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGG < 2:6086310/149‑1 TCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGA < 1:1487596/127‑1 TCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGA > 2:1487596/1‑127 AGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGC > 1:7547861/1‑116 AGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGC < 2:7547861/116‑1 GGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGA > 1:757768/1‑93 GGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGA < 2:757768/93‑1 gccCCTTCGGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGGACCCCACCGCCTTCTGGTTTGTGGTTCGCCGTGTGGGCGGGGGCAGGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGA < 1:266797/147‑1 TC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCC < 1:2985082/150‑1 C‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGGACCTCACCGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCCA < 2:569076/150‑1 GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCCCCAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATAACGCAAACCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCCAG > 1:7277285/1‑150 CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCCAGC > 1:3736064/1‑150 GGGCCCGCCCGCCCCCCCCGGGACCCCCCCGCCTTCTGGGTTGTGGTGCGCCGTGTGGGAGGGGGCAGGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCCAGCC < 1:6386753/150‑1 ACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCCAGCCCTCA > 2:6931229/1‑150 ACGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCCAGCCCTCA > 1:1868910/1‑150 TACCAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTC‑GCGGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5905591‑5905747‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttc‑gcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGGACCTCACAGCCTTCAGGGTTGTGGTGAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGCTCCAGCACCGATTCAAAGCCATACCGCATCCCAATGTGGATAGTCCCTGATACTTCTGACCAATCCAGCCCTCA < NC_002947/5905809‑5905661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |