| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 6002881 = | 86 (0.310) | 13 (0.060) | 9/216 | NT | 16.1% | intergenic (+10/+99) | PP_5256/amaA | cyclic nucleotide‑binding protein/L‑pipecolate oxidase |
| ? | NC_002947 | 6002975 = | 68 (0.320) | intergenic (+104/+5) | PP_5256/amaA | cyclic nucleotide‑binding protein/L‑pipecolate oxidase | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCCTTCGCTGCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/6003058‑6002881‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtaggagc‑gggtttacccgcgaagaggccAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAGGAA > NC_002947/6002975‑6003123 GCCTTCGCTGCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTG < 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GCTGCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAG < 2:1564988/150‑1 CTGCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC < 2:341951/150‑1 TGCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑G < 1:3477484/150‑1 TGCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAG < 1:1417970/145‑1 TGCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAG > 2:1417970/1‑145 GCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GG < 2:2759668/150‑1 GCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GG < 1:2626566/150‑1 CGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGG < 1:2822400/150‑1 GGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGT < 1:449822/150‑1 GGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGT < 2:3054739/150‑1 GGACAGCGTTCCAGGAGGCCGGTGTGTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGT < 1:7315418/150‑1 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2:6924655/1‑150 AGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACGACTGGTAGGAGC‑GGGTTTgc > 2:6924740/1‑148 GCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGTTTACC < 2:1342407/150‑1 GCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGTTTACC < 2:1821639/150‑1 CGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCAACAAGTTCAACACACCCCACTCAGGCGGGGGACTACGTGTATGAGCGGGGTTTACC > 1:6145915/1‑150 TTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGC < 2:3127296/150‑1 TTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGC < 1:4213387/150‑1 TTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTT > 2:1869427/1‑130 TTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTT < 1:1869427/130‑1 TATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCTGTGCCTGTGGGTTGTGTTGTATGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCGGTTCACCACAGCCCTCTCCGGGGGTGCACTACTTGTAGGAGG‑GGGTTTACCCGCGAA < 2:1808893/150‑1 TATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAA < 2:5786193/150‑1 ATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGGAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAG > 2:6875182/1‑150 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1:3926449/1‑150 CCGCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGACAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCC > 2:7370058/1‑150 CCGCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCC > 1:2840013/1‑150 CCGCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCC > 1:3011197/1‑150 CCGCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCC > 2:271650/1‑150 CCGCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCC > 2:614615/1‑150 CCGCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCC > 1:6164789/1‑150 GCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGACTCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCT > 2:7618600/1‑150 GCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCT > 1:2233010/1‑150 CGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTT < 1:5786193/150‑1 GAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTG < 2:2857750/150‑1 AGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAG < 1:7326018/150‑1 AGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCA < 2:6164789/150‑1 GGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAG < 1:5738470/150‑1 GGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAG < 1:1083037/150‑1 GGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAG < 1:5738671/150‑1 GGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAG < 1:5738534/150‑1 GCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAGG < 1:2552140/150‑1 GCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAGG > 1:850666/1‑150 GCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAGG > 1:556971/1‑150 CAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAGGAA > 1:1251475/1‑150 CAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAGGAA > 1:1067386/1‑150 GCCTTCGCTGCGGACAGCGTTCTATGAGTCCGGTTTTTCGCTGTACCACGCGGGGCAGTGCCTGAGGGTTGTGTTGTAAGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCACCACAGCCCTCTCAGGCGGTGCACTACTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/6003058‑6002881‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtaggagc‑gggtttacccgcgaagaggccAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAGGCGCGCTCACACCGCTCATCGGCGAAAACGGAATCGGCAGGCTGTCCGCCTCGCCCTTGAGCAGGAA > NC_002947/6002975‑6003123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |