| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5127047 = | 149 (0.540) | 12 (0.050) | 8/258 | NT | 7.7% | intergenic (+51/‑131) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
| ? | NC_002947 | 5127146 = | 148 (0.580) | intergenic (+150/‑32) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease | |||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
CAGGTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGC > NC_002947/5126898‑5127194 | gcgaccgaagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagt < 1:2514993‑M1/1‑1 (MQ=255)cAGGTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACActttgccttt < 2:7101568/150‑1 (MQ=255)cAGGTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACActttgccttt < 2:5696924/150‑1 (MQ=255)cAGGTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTGTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACActttgccttt < 2:3961818/150‑1 (MQ=255) gaccgaagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGc > 2:1746510‑M1/148‑150 (MQ=255) gTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACtttgcctttgcc < 2:6956933/150‑1 (MQ=255) tGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCg < 1:3993190/150‑1 (MQ=255) gggTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGc < 1:438402/150‑1 (MQ=255) gaagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGc < 2:7215876‑M1/7‑1 (MQ=255) ggTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGcc < 2:9067650/150‑1 (MQ=255) aagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGcc < 2:234305‑M1/8‑1 (MQ=255) aagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGcc < 2:8215885‑M1/8‑1 (MQ=255) aagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGcc > 1:8497724‑M1/143‑150 (MQ=255) gTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGccc > 2:2954127/1‑150 (MQ=255) gTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGccc > 2:1702660/1‑150 (MQ=255) cTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTcgc < 2:3935546/150‑1 (MQ=255) cGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑gg < 1:1430632/150‑1 (MQ=255) aaaGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑gggga > 1:1278144/1‑148 (MQ=255) cTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGc < 1:3921176/150‑1 (MQ=255) cTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGc < 2:365315/150‑1 (MQ=255) cTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGc > 1:5646652/1‑150 (MQ=255) ttttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGcg > 1:6841887/1‑149 (MQ=255) tttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc < 1:4252822/150‑1 (MQ=255) 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aaCTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGGGAAACCCCACCAAAAAGAAGCCCCCCCCCGAAAGTTGTTGAAAAACAGGGGGGGCGGGGTTTACCCCCCAAAggc > 1:8049893/1‑149 (MQ=255) ccTGACACCAGTCTTGCGACTGACTGTGTTCGCCTGAGCCTTTACACTTTCCCTTCGCCGCCCCCTGCGC‑GGGTAAACCCCCTCCTACAGTATGCCCCCCCCTTAATGTTGTGCAAAACCTGTAGTAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGcc < 2:8863587/149‑1 (MQ=25) aCTGACAGCCGTCTTGCGACTGATTGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTGGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATTTTGTGCAAAACCTGAAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGcc < 2:673693/150‑1 (MQ=38) cTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCGGAATGGTGGGCAAAACCTGGAGGCGC‑GGGGTTGCCCGCGAAAGGGCCg > 2:5761357/1‑150 (MQ=39) ccgccggcTTGCGACCGACGGTGTGGGCCGGCGGCTTTACACTTTGCCTTGGCCGGCCCCTGCGC‑GGGTACACCCGCTCCCACCGGAGGCCCCCGCCTGCCTGTTGGGCCAACCCTGTCGGCGG‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCAc < 2:2072893/143‑1 (MQ=255) ctgTCTTGCGACAGATTGTGTTGGCCTGCGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCGTTCGG‑GGTTAAACCCGCTCCTCCCGGATGCCCCCGCCTGATTGTTGTGCAAACCGTGTCGGTGG‑GGTTTAACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGc < 2:816496/148‑1 (MQ=255) tCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCGCTCCGACAGGCTGCCCCCGCCGGGATGTTGTGCCAAACCGGTAGGGGC‑GGGGTTACCCGCGCAAGGGCCGGCACGGCCTg > 2:6536093/1‑150 (MQ=255) ttGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCGCCAACACGATGCCCCCCCCAGAAAGTTTTGCAAAAACAGGAGGAGC‑GGGGTTAACCCCCAAAGGGCCGGCACTGCCGGTa > 1:8215912/1‑150 (MQ=255) gACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCGCTCCTACAAGATGCCCCCGCCAGAATGTTTTGCAAAAACAGTAGGAGC‑GGGGTTACCCCCCCAAGGGCCGGCACAGCCGGgagaga > 1:8355724/1‑150 (MQ=255) aaTGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCCCACCTACACGCTGCCCCCCCCCGGAAGTTGTGCCAAAACGGTAGGAGC‑GGGGTTACCCCCGAAAGGGCCCGCCCTGCCGGTGGAGATCAcc > 1:5300402/1‑150 (MQ=255) tgtTTGCCTGTGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGTATGCCCCCGCCTGATTGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCa < 2:2032847/150‑1 (MQ=255) tttGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCCCTCCTACACGAGGCCCCCCCCGGAATGTTGTGCAAAACCGGTAGGAGC‑GGGGTGACCCGCGAAAGGGCCCGCCCTGCCGGTAGAGATAGCCATCAAg > 2:6996918/1‑150 (MQ=255) gCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCCCGCCAACACGATTCCCCCCCCAGAAAGTTGTGCAAAAACAGTAGGAGC‑GGGTTTACCCCCCAAAGGGCCGGCCCAGCCGGGAGAGAAAACCATCAAGGAc > 1:9017595/1‑150 (MQ=255) tGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCCCGCCTACAGGATGCCCCCCCCGGAAAGTTGTGCACAACCGGGAGGAGC‑GGGGTTACCCGCGAAAGGGCCCGCACTGCCAGTAGAGATATCCAACAAGGACcca > 2:2811033/1‑150 (MQ=255) ttACACTCTGCCTTTGCCGGGCCCTGCGC‑GGGTACACCCGCGCCTCCAGTATGGCCCCTCCTTATTGTTGTGAAAAACGTTTAGGTGG‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGaa < 2:6102042/150‑1 (MQ=255) acacTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCGCCCCAACAGGAAGCCCCCCCCGGACTGGTGTGCAAAACCGGTAGGAGCGGGGTTTACCC‑CCAAACGGCCGGCACGGCCAGTAGAGAAGACCCACAAGGAACCACCCAGAacc > 2:7326047/1‑150 (MQ=255) tctacaggcagTGCCGGCCCTTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGt < 2:7575495‑M1/68‑1 (MQ=255) tctacaggcagTGCCGGCCCTTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGt > 1:7575495‑M1/12‑79 (MQ=255) acTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCCCTCCTACAGGATGCCCCCGCCAGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGGTTAACCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCAGTAGAGATATCCAACAAGGACCCACCATGAaacac > 2:4362939/1‑150 (MQ=255) tttgcctttgccGGCCCCTTCGC‑GGGGAAACCCCCGCCAACAGGCTGCCCCCGCCGGAATGTTGTGCCAAAACGGGAGGGGC‑GGGGTTACCCGCGCAACGGCCGGCACGGCCTGTAGAGATCGACATCAAGGACCCACCAAGAaacaccc > 2:2610417/1‑149 (MQ=255) tttgccGGCCCCTTCGC‑GGGTGAACACCCTCCGAAAGGATTCCCCCGCCGGAAAGTTGTGCAAAACCGGTAGGAGC‑GGGGTTACCCCCGCAAGGGCCGGCACAGCCGGTAGAGATCTCCAAAAAGGACCCCCCAAGAACcaccgcacccc > 2:3169411/1‑148 (MQ=255) tttgccGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCCCTCCAACAGGATGCCCCCCCCGGAATGTTTTGCAAAAACTGGATGAGC‑GGGGTTACCCGCGCAAGGGCCGGCACTGCCGGTAGAGATCACCAACAAGGACCCCCCCAGAACCaccgcaccgc > 2:2897004/1‑150 (MQ=255) | CAGGTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGC > NC_002947/5126898‑5127194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |