| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 6021226 = | 179 (0.650) | 17 (0.070) | 10/230 | NT | 10.9% | intergenic (‑49/+96) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
| ? | NC_002947 | 6021302 = | 128 (0.560) | intergenic (‑125/+20) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase | |||||
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
GCCTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATT > NC_002947/6021077‑6021375 | gcctgctggccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGc > 1:2566373‑M1/149‑150 (MQ=255) ccTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGC < 2:8795709‑M1/150‑1 (MQ=255) ttGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGG < 2:813900‑M1/150‑1 (MQ=255) ctgctggccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCgg > 2:4328240‑M1/147‑150 (MQ=255) tggccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCtt < 2:1205400‑M1/8‑1 (MQ=255) tCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCGTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGGTT > 1:1594351‑M1/1‑150 (MQ=255) tCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTT < 2:6438223‑M1/150‑1 (MQ=255) gccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGc < 1:7462413‑M1/10‑1 (MQ=255) cGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCC < 2:4121998‑M1/150‑1 (MQ=255) cGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCC < 1:8055439‑M1/150‑1 (MQ=255) ggCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCC < 2:3542472‑M1/150‑1 (MQ=255) ggCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCC < 1:2473372‑M1/150‑1 (MQ=255) gacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCg < 1:899224‑M1/13‑1 (MQ=255) gCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCG > 1:3805886‑M1/1‑150 (MQ=255) cctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCGCt > 2:5057150‑M1/136‑150 (MQ=255) cctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCGCt > 2:1144582‑M1/136‑150 (MQ=255) cctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCGCt < 1:1144582‑M1/15‑1 (MQ=255) ctgattgcgcgcaagaagcctcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggatcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCtctc > 1:6660673‑M1/135‑150 (MQ=255) ctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCGCTc < 2:2620324‑M1/16‑1 (MQ=255) ctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCGCTc > 1:1205844‑M1/135‑150 (MQ=255) aGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTC < 2:4479524‑M1/150‑1 (MQ=255) attgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCGCTCCca > 2:3812200‑M1/132‑150 (MQ=255) attgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCAAgcccgcaaatg > 2:6958026‑M1/132‑145 (MQ=255) 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gcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg > 2:7499067‑M1/129‑150 (MQ=255) gCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTc < 1:6832015/150‑1 (MQ=255) aCCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGt < 1:3381401/150‑1 (MQ=255) cccGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTg < 1:625830/150‑1 (MQ=255) cGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGca < 2:8532212/150‑1 (MQ=255) gTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGaacaccac < 2:4644707‑M1/150‑9 (MQ=255) tCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGcaca < 2:6308113/150‑1 (MQ=255) gTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGGGCACAGCt > 2:3185386/1‑150 (MQ=255) cGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCaa < 2:1393908/150‑1 (MQ=255) gCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAg > 2:4847054/1‑150 (MQ=255) 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gTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACCGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGccc < 2:3314856/150‑1 (MQ=255) ttGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCg > 2:3725747/1‑150 (MQ=255) aTCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACCGGTCGTGCACAGCTTTAAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCCAGCCCGCAAATGGGCCCGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGGGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCtt > 1:7728229/1‑150 (MQ=38) aTCGGGGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACTGGTCGTGCCCAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCtt < 1:4555851/150‑1 (MQ=255) tgggtggtGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCCCCCACTGTTCGTGCACAGCTTACAAACGGGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTg < 1:534040/148‑1 (MQ=38) tCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAACAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTg < 2:5318223/150‑1 (MQ=255) tggtggATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCa > 2:1813762/1‑150 (MQ=255) gtggATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCCCAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCGGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACt > 2:3910718/1‑150 (MQ=255) ggATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTc > 2:2540243/1‑150 (MQ=255) gATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACATcc > 1:8765919/1‑150 (MQ=255) attattCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTccc < 2:6664573/150‑1 (MQ=255) attattCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAG‑TGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCg > 2:6751856/1‑150 (MQ=255) attattCGCGGGCTGCCCCGCCCCCACTGGTCGTGCACAGCTTTAAAACGGGGTGGTGTGCCTGTGGGCGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTccc < 1:3080622/150‑1 (MQ=255) tattCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCgg < 2:3522161/150‑1 (MQ=255) GCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTAtt < 1:3754955‑M1/150‑1 (MQ=255) GCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTAtt < 2:4995537‑M1/150‑1 (MQ=255) | GCCTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATT > NC_002947/6021077‑6021375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |