| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 3597839 | NA (NA) | 27 (0.100) | 13/272 | NT | 8.2% | intergenic (‑432/+34) | PP_3172/nemA | group II intron‑encoding maturase/FMN‑linked N‑ethylmaleimide reductase |
| ? | NC_002947 | = 4395435 | 308 (1.120) | intergenic (‑455/+15) | PP_3868/PP_3869 | group II intron‑encoding maturase/sheath protein | |||||
Only 100 of 404 total aligned reads displayed.
TTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTATTGCAGGGCAAGCACCCGTAGCTGGTTCACCAGATCCGGCGGATACAGCACGTTGACCCGGGCGGGGTCGGTAGTCGAACGCTCAACGATCAGGTACTTGGC > NC_002947/4395287‑4395584 | gCCTCCGGCTAACCCTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTtggt < 1:5250286/150‑1 (MQ=255) gCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTtggt < 2:6464265/150‑1 (MQ=255) ccTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTtggtg < 1:1001088/150‑1 (MQ=255) cTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTtggtgg > 2:2704899/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGTACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGga < 2:4208175/150‑1 (MQ=255) tCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACACCAAGGCCCGCCAAGT‑GCGGGCCTTtttgtg > 1:7268637‑M2/1‑144 (MQ=255) tCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGga < 1:8015468/150‑1 (MQ=255) tCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGga > 1:3465259/1‑150 (MQ=255) ccGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACACCCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGgat < 2:6224546/150‑1 (MQ=255) cGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCACGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTtttgtgtg > 2:1003880‑M2/1‑142 (MQ=255) ggCTAACACTTCCCCGTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCCAAGT‑GCGGGCCTTtttgtgtgc > 2:7069466‑M2/1‑141 (MQ=255) tAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTc < 1:7037941/150‑1 (MQ=255) tAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTc > 1:3787806/1‑150 (MQ=255) aaCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCa < 2:2132197/150‑1 (MQ=255) acacTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAg > 1:2138468/1‑150 (MQ=255) acTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGtt < 2:6294956/150‑1 (MQ=255) acTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCAC‑CAATAGAAG‑CCCGC‑CTTGTGCGGGCTTTtttgtgtgcgccaggcat > 1:2956025‑M2/1‑132 (MQ=255) ccTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATg > 2:6476982/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGcc > 2:3395186/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCcgc < 1:8373609/150‑1 (MQ=255) gCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTGGGCCACCCCAACCACGCGGGTGGCGCTTACGCGCAACGCGCCAGGCCGGGCGCACACAAAAAGGCCCGCCAAGT‑GCGGGCCTTtttgtgtgcgccaggcatggcgcgtt > 1:4388996‑M2/1‑124 (MQ=255) gggTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATACCTGGCAC‑CAATAGAAG‑CCCGC‑CTTGTGCGGGCTTTtttgtgtgcgccagg > 2:3527085‑M2/1‑119 (MQ=255) gtAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAg < 1:545877/150‑1 (MQ=255) 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tttCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTg > 1:7202156/1‑150 (MQ=255) tttCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACGTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTg > 1:3605/1‑150 (MQ=255) tCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGt > 2:7245317/1‑150 (MQ=255) cACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACTTG‑GCGGGCCTTGGTGGATGATTCAGTTACGATGCCGCGTACTGCAGGCGGGGCTGGTa < 1:6793460/150‑1 (MQ=255) cTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCACACAAAAAGGCCCGCACGTG‑GCGGGCCTGGGTGGATGATTCAGGTCCGATGCCGCGTCCTGCAGGCGGGGCTGGTATTg > 2:4776416/1‑150 (MQ=21) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |