Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,921,591 | T→A | 19.2% | intergenic (+24/+37) | PP_1720 → / ← PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,921,591 | 0 | T | A | 19.2% | 428.1 / 95.5 | 196 | intergenic (+24/+37) | PP_1720/PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (96/60); new base A (15/22); total (113/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GGGCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTCC > NC_002947/1921442‑1921740 | gggCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGtt < 1:5137542/150‑1 (MQ=255) gggCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGtt < 2:6605553/150‑1 (MQ=255) gCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTa < 2:1005311/150‑1 (MQ=255) 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cTTCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGc > 2:2070320/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCAGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGc > 1:8092398/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCa > 2:2161086/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCa > 2:2538782/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCa > 1:8856215/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCa > 1:3276317/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCa > 1:7892331/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCa > 2:7906205/1‑150 (MQ=255) tCGCGGGTTTA‑CCCGCTAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCTCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACCGCaa < 2:5923078/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAg < 2:3708882/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCa > 1:5235147/1‑58 (MQ=37) 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GGGCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTCC > NC_002947/1921442‑1921740 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |