| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,967,247 | C→T | 6.4% | intergenic (+74/+45) | PP_1762 → / ← yciK | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,967,247 | 0 | C | T | 6.4% | 585.5 / 19.3 | 188 | intergenic (+74/+45) | PP_1762/yciK | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (100/76); new base T (4/8); total (104/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CCTGTTCCTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAGGTACAGGTACACCGGCATGATCTCTTCGGGCAGCGGGTTGTTCTGCGGGTT > NC_002947/1967098‑1967396 | cctgttcctgGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGcc < 1:8684827/150‑1 (MQ=255)cctgttcctgGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCCCTCCCCCAGGATCACCCCAACCCGCAAGGATTGcccc > 1:7596223/1‑150 (MQ=255) ttCCTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGc > 1:5019450‑M2/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGc > 1:5290448‑M2/1‑149 (MQ=255) ccTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCTCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGcct > 1:2875064‑M2/1‑147 (MQ=255) ggAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGcctgtg > 2:2327064‑M2/1‑144 (MQ=255) ggAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGcctgtg > 1:8249730‑M2/1‑144 (MQ=255) ggAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGcctgtg > 1:3437134‑M2/1‑144 (MQ=255) 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CCTGTTCCTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAGGTACAGGTACACCGGCATGATCTCTTCGGGCAGCGGGTTGTTCTGCGGGTT > NC_002947/1967098‑1967396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |