Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,967,248 | C→G | 6.4% | intergenic (+75/+44) | PP_1762 → / ← yciK | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,967,248 | 0 | C | G | 6.4% | 622.3 / 24.5 | 188 | intergenic (+75/+44) | PP_1762/yciK | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (100/76); new base G (4/8); total (104/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
CTGTTCCTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAA‑GGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAGGTACAGGTACACCGGCATGATCTCTTCGGGCAGCGGGTTGTTCTGCGGGTT > NC_002947/1967099‑1967396 | ccTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCTCAACCCTCAA‑GGATTGCGCCCTGcct > 1:2875064‑M2/1‑147 (MQ=255) ggAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAA‑GGATTGCGCCCTGcctgtg > 2:2327057‑M2/1‑144 (MQ=255) ggAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAA‑GGATTGCGCCCTGcctgtg > 1:3437134‑M2/1‑144 (MQ=255) 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TTGCCCGCTCCCACAGGCAGGGCGCAATCCTTGA‑GGGTTGCGGTGATCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATcaggtacaggt < 1:1941533‑M1/150‑1 (MQ=255) TTGCCCGCTCCCACAGGATCGCCGCAACCCTCAA‑GGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATcaggtacaggt < 1:5002554‑M1/150‑1 (MQ=255) TTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAA‑GGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATcaggtacaggt < 1:7895396‑M1/150‑1 (MQ=255) TTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAA‑GGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATcaggtacaggt < 2:1610070‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCCACAGGCAGGGCGCAATCCTTGA‑GGGTTGCGGTGATCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAggtacaggtaca < 1:5027816‑M1/150‑1 (MQ=255) 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cctgcctgTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAGGTACAGGTACACCGGCATGATCTCTTCGGGCAGCGGGTTGTTCTGCGGGtt > 2:8298024/1‑150 (MQ=255) | CTGTTCCTGGAGCGCTGCATGCAGCTGGAAGGGCGCCAGCAAGGCCGTATGCGGCCGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAA‑GGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAGGTACAGGTACACCGGCATGATCTCTTCGGGCAGCGGGTTGTTCTGCGGGTT > NC_002947/1967099‑1967396 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |