Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,976,290 | T→A | 12.3% | intergenic (+75/‑90) | pheA → / → PP_1770 | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase/3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,976,290 | 0 | T | A | 12.3% | 719.9 / 75.4 | 260 | intergenic (+75/‑90) | pheA/PP_1770 | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase/3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (137/91); new base A (19/13); total (156/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TGCTCGAGCAGATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGT > NC_002947/1976145‑1976439 | gCTCGAGCAGATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCtgtg < 1:2785737/150‑1 (MQ=255) gCTCGAGCAGATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTAGCCGATGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCtgtg < 1:8856349/150‑1 (MQ=255) ctcgagcagatcagccaggaggctgtggcgctgaaggtgctgggctcttatccgaaggcggtgctttgattcaggggcattggggccgcggcgcggcccttcgcgggctagcccgctcccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTgg < 2:6548119‑M2/9‑1 (MQ=255) tCGAGCAGATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTGTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTggg > 2:3755391/1‑150 (MQ=255) tCGAGCAGATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGGGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTggg > 2:3584681/1‑150 (MQ=255) gCAGATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGACCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTGTGTTGGAGCg > 2:2054400/1‑150 (MQ=255) cagatcagccaggaggctgtggcgctgaaggtgctgggctcttatccgacggcggtgctttgattcaggggccttggggccgcggcgcggcccttcgcgggctagcccgctcccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCgg < 1:2351419‑M2/15‑1 (MQ=255) cagatcagccaggaggctgtggcgctgaaggtgctgggctcttatccgaaggcggtgctttgattcaggggccttggggctgccttgcagcccttcgcgggctagcccgctcccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCgg < 2:7101242‑M2/15‑1 (MQ=255) cagatcagccaggaggctgtggcgctgaaggtgctgggctcttatccgaaggcggtgctttgattcaggggccttggggctgccttgcagcccttcgcgggcatgcccgctcccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCgg < 1:4735437‑M2/15‑1 (MQ=255) aGATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCggg > 2:8822160/1‑150 (MQ=255) gATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGc < 1:5564169/150‑1 (MQ=255) aTCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCt > 1:6416951/1‑150 (MQ=255) tCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTa < 1:5502846/150‑1 (MQ=255) cAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCcg > 2:7632475/1‑150 (MQ=255) cAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCcg > 1:4859267/1‑150 (MQ=255) ggaggCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCACACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCcgcg > 1:3650786/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGgccgc > 2:2665825/1‑150 (MQ=255) gcgcTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGgccgcg > 1:8678085/1‑150 (MQ=255) tGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGgccgcgccgc < 2:5870387/150‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCCGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGc < 2:214672/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGccc < 1:8214397/150‑1 (MQ=255) gCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGACCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCa > 1:49269/1‑150 (MQ=255) cTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCCGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCaa > 2:7469594/1‑150 (MQ=255) atGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGAGAGCATGAGATGCCGATATCTGTGGGAGCGGGCTACCCAGCGAAGGGCCGCGCCGCCGCCCCaa > 1:1067538/2‑150 (MQ=39) tGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCCAt > 1:8820811/1‑150 (MQ=255) tGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAAt > 2:670779/1‑150 (MQ=255) tGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAAt > 1:6440440/1‑150 (MQ=255) gCTCTTATCCGACGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGc < 2:3159105/150‑1 (MQ=255) gCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCCGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGc < 2:6830532/150‑1 (MQ=255) ctctTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGcc > 2:2566192/1‑150 (MQ=255) tctTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGccc > 2:5614172/1‑150 (MQ=255) ttATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTc > 2:29012/1‑150 (MQ=255) ttATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTc > 1:6046048/1‑150 (MQ=255) aTCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTcac < 2:605743/150‑1 (MQ=255) tCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTcaca > 2:3921148/1‑150 (MQ=255) ccGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAg < 1:9031888/150‑1 (MQ=255) gCGGTGCTTTTATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCATTGCAGCCCTTCGGGGGCATGCCCGCTCCCACTTTGAGCATGTGATGCCTATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTAcc < 1:6342752/150‑1 (MQ=255) tttGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGAttt > 1:1589786/1‑150 (MQ=255) tttGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGAttt > 2:61996/1‑150 (MQ=255) tttGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAAAGGCCCTCACAGGCTACCGAGAatt > 1:5011198/1‑150 (MQ=255) ttGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCCAAGGCCCGCACAGGCTACCAAGATTTc > 1:2597116/1‑150 (MQ=255) ttGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTc > 1:6269912/1‑150 (MQ=255) tGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCt < 1:8379103/150‑1 (MQ=255) tGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCt < 2:6356854/150‑1 (MQ=255) gATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTg < 2:2743204/150‑1 (MQ=255) gATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTg < 2:1407948/150‑1 (MQ=255) gATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCCCGCCGCGGCCCCACTGGCCCGCACAGGCTACCGAGATTTCTg > 1:1173811/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGaa > 1:361070/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGaa > 2:4360742/1‑150 (MQ=255) ggggCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAgg < 2:6923364/150‑1 (MQ=255) gCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGtt > 2:4066393/1‑150 (MQ=255) gCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGtt < 2:228291/150‑1 (MQ=255) ttGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGc > 2:7382575/1‑150 (MQ=255) ttGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGGTCGc > 1:6780212/1‑150 (MQ=255) aagggCTGCAAGGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCa > 2:6239324/3‑150 (MQ=255) ggCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCa < 2:7552068/150‑1 (MQ=255) cTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGt < 2:5323156/150‑1 (MQ=255) tGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTg < 2:324365/150‑1 (MQ=255) tGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTg > 1:3516677/1‑150 (MQ=255) ccTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGt < 2:4116865/150‑1 (MQ=255) cTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTTCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCCATGGCCCTCACAGGCTACCGAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGGGGtc > 1:7235429/1‑149 (MQ=255) ttGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCCATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTaa > 2:8287437/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTaa > 1:2432304/1‑150 (MQ=255) aGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCCCCGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCCGGGGTAAAAgc > 1:3985552/1‑150 (MQ=255) aGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAAAGGCCCGCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGGTGGCACCAGGGGTCAATgc > 1:8591203/1‑150 (MQ=255) gcccttcgcgggctagcccgctcccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCAAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATgca > 2:513066‑M2/47‑150 (MQ=255) gCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATgca < 2:8607841/150‑1 (MQ=255) ccttcgcgggctagcccgctcccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATgcagc > 2:1618023‑M2/45‑150 (MQ=255) gcgGGCATGCCCGCTCCCACCGTGAGCCTGGGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCCATGGCCCTCACAGGCTACCTCGAGTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTCAATgcagcccaac > 2:5444211/1‑145 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGtt > 1:5226192/1‑116 (MQ=255) ccgctcccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCcgc > 1:7129527‑M2/30‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCcgc > 2:8746422/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGccc > 2:8995892/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGccc > 1:4373130/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAAACCGCGccc > 1:923854/1‑150 (MQ=255) ccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGGCTGCAAGGCAGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCccag > 2:7573115‑M2/24‑149 (MQ=255) ccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTc > 1:3974313‑M2/24‑109 (MQ=255) ccacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATgca > 2:3978360‑M2/24‑127 (MQ=255) ccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcat > 2:4602024/1‑150 (MQ=255) ccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcat > 2:1878124/1‑150 (MQ=255) ccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcag > 1:8938549/1‑149 (MQ=255) ccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcaa > 1:1921071/1‑149 (MQ=255) ccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGGGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcat > 1:1389990/1‑150 (MQ=255) cacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcatc > 2:695671‑M2/23‑150 (MQ=255) cacagagatcggcatcacatgcTCACTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcatc > 2:6010373‑M2/23‑150 (MQ=255) cacaGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcatc > 2:8419208/1‑150 (MQ=255) cacaGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCcatc < 1:6901026/150‑1 (MQ=255) gTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCg < 1:569591/150‑1 (MQ=255) tGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGa < 1:1879440/150‑1 (MQ=255) tGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGa > 2:8345632/1‑150 (MQ=255) aTGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCGAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCCTCATCGACCGcc > 1:6572690/1‑150 (MQ=255) tgtgATGCCGATCTCCGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCt < 1:7469594/150‑1 (MQ=255) gtgATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCaaaaa > 2:1250566/1‑121 (MQ=255) gtgATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCaaaaa < 1:1250566/121‑1 (MQ=255) gATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCtggt < 2:4859267/150‑1 (MQ=255) aTGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCtggtc < 2:2127755/150‑1 (MQ=255) gCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCtggtcgt > 1:4096168/1‑150 (MQ=255) cGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCCCCaggtcgtgg > 1:1641891/1‑150 (MQ=255) tctGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTggtcggt > 2:8253863/1‑150 (MQ=255) tctGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCGGGTCGTggtcggt > 2:234582/1‑150 (MQ=255) | TGCTCGAGCAGATCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGT > NC_002947/1976145‑1976439 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |