| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,065,185 | 0 | G | T | 12.7% | 552.4 / 55.8 | 194 | intergenic (+77/‑130) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/78); new base T (13/12); total (103/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAT > NC_002947/2065038‑2065334 | cGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTc < 1:1179549/150‑1 (MQ=255) gTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTcc < 1:1979689/150‑1 (MQ=255) gTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTcc > 1:833120/1‑150 (MQ=255) tataTCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCt < 1:1693724/150‑1 (MQ=255) tagatCCAGCCCGCGACCACGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGGGCACGGCACACCGAAGGAACCCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CCGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCt < 2:8204741/147‑1 (MQ=255) tatCCAGCCCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCtgt < 1:764942/150‑1 (MQ=255) atCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCtgtg < 2:2257616/150‑1 (MQ=21) tCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGCCTTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGc > 2:6988968/1‑150 (MQ=255) 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gTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAt > 2:6863376/1‑150 (MQ=255) | CGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCA‑CAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAT > NC_002947/2065038‑2065334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |