Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,065,193 | C→G | 12.4% | intergenic (+85/‑122) | PP_1838 → / → PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,065,193 | 0 | C | G | 12.4% | 539.9 / 48.8 | 189 | intergenic (+85/‑122) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (96/69); new base G (14/10); total (110/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCATTTTTGCCG > NC_002947/2065044‑2065342 | ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCAATGCACAGGGTTCGGACCGTGTGCAGGGCCTGTGCg > 2:4303599/1‑150 (MQ=255) aGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCATGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑ATGCCCGCTCCCACAGGCAGTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAg > 2:1295915/1‑150 (MQ=255) aGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAg > 2:6200051/1‑150 (MQ=255) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCgg < 1:1109207/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCgg < 2:8633889/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCgg < 2:1760308/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCgg < 2:7895621/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCCCAGGCATTGCACCGGGTTCGGACCATGTGCAGGTCCTGTGCGAGCgg > 2:4682809/1‑150 (MQ=255) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCgg < 1:1255013/150‑1 (MQ=255) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCgg < 2:3351463/150‑1 (MQ=255) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCgg < 2:6412660/150‑1 (MQ=255) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCgg < 2:2587706/150‑1 (MQ=255) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCAGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCgg < 2:5121566/150‑1 (MQ=255) gcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCggcc < 1:4623018/150‑3 (MQ=255) gcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGc < 2:7576084/150‑1 (MQ=255) gACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCaa < 1:8050634/150‑1 (MQ=255) ccAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTAGCGGGC‑GTTCCCCCACCCACAGGCCAATCAAACGGTTCGGAACATTTTGAGGTGCGTTGCGAGCGGGCaacc > 2:3814781/1‑148 (MQ=255) aaGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGccc > 2:1363723/1‑150 (MQ=255) 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gtgCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATg < 2:2106439/139‑1 (MQ=255) gtgCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATg > 1:2106439/1‑139 (MQ=255) gtgCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATg > 1:2932356/1‑139 (MQ=255) gtgCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATg > 1:6748713/1‑139 (MQ=255) cAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGt > 2:7169993/1‑150 (MQ=255) aGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAg < 2:3064546/90‑1 (MQ=255) aGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTc > 1:7196691/1‑150 (MQ=255) gTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAt < 1:1480367/150‑1 (MQ=255) gTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAt > 1:1545502/1‑150 (MQ=255) gTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAt > 1:3132898/1‑150 (MQ=255) tCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAtt > 1:3562947/1‑150 (MQ=255) tCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAtt > 1:5207851/1‑150 (MQ=255) tCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAtt > 1:7938743/1‑150 (MQ=255) tCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAtt > 2:1821478/1‑150 (MQ=255) ccTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAttt < 2:1411034/150‑1 (MQ=255) ccTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAttt < 2:4051742/150‑1 (MQ=255) cGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCATTTTTGCCg < 2:8276059/150‑1 (MQ=255) | TCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGC‑GAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCATTTTTGCCG > NC_002947/2065044‑2065342 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |