| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,080,228 | A→C | 13.9% | intergenic (+48/+67) | PP_1853 → / ← PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,080,228 | 0 | A | C | 13.9% | 454.8 / 10.0 | 198 | intergenic (+48/+67) | PP_1853/PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/85); new base C (19/13); total (95/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
AAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCA > NC_002947/2080079‑2080377 | gctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAgg < 1:5915916‑M1/26‑1 (MQ=255) tGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCTGCCCGCACCCACAGGGa > 2:7949743/1‑150 (MQ=255) tGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGa > 2:4343041/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |