| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,097,154 | G→C | 7.1% | intergenic (‑240/+77) | htpX ← / ← alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,097,154 | 0 | G | C | 7.1% | 605.9 / 26.6 | 184 | intergenic (‑240/+77) | htpX/alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/93); new base C (9/4); total (87/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
AACTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2097005‑2097303 | aaCTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcg > 2:906592/1‑150 (MQ=255)aaCTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcg > 1:1865947/1‑150 (MQ=255) tgtgTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcccgc < 1:2275700/150‑2 (MQ=255) 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agaTCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCAt < 2:7647074/150‑1 (MQ=255) agaTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATCGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCAt > 2:280744/1‑150 (MQ=255) gaTCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTAATGCGAATAACCCGTCAGGAAATTGCCGATACCGCCAATTTCCGCTTCCAGGTCATc > 2:270966/1‑150 (MQ=255) gaTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGCACCGCGCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGGCGAACCCTACTGCGAATAACCCATCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCGTCCAGGTCATc > 2:8833953/1‑150 (MQ=38) tCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCCTCGAACCCTACAGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCGTCCAGGTCATCCa > 1:7038289/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATGACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAccc < 2:193147/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAccc < 1:3767022/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCGTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTTCCGCTTCCAGGTCAACCAccc > 1:6131327/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCCCGTCGAACCTCGCGTAGCCCCCGGCGCCCCCCTCGAACCCTACTGCGAAAAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAccc > 2:3490821/1‑150 (MQ=255) cgccgcGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCcgc < 1:2209281/150‑1 (MQ=255) cgccgcGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCcgc < 1:100203/150‑1 (MQ=255) gccgcGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCCCCTCCAACCACTCGTAGCCCCCCGCGCCCCCCTCCAACCCTACTGCGAATAACCCCTAAGGAAAATGCCCATCCGGCCAAATGCCCCTTCCAGGTCATACAcccccc > 1:8902212/1‑147 (MQ=255) | AACTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2097005‑2097303 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |