| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,173,761 | A→G | 5.8% | intergenic (+331/+72) | PP_5484 → / ← PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,173,761 | 0 | A | G | 5.8% | 884.7 / 26.2 | 274 | intergenic (+331/+72) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (120/138); new base G (8/8); total (128/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
ACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCG > NC_002947/2173612‑2173910 | aCCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAGACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCa < 1:3931061/150‑1 (MQ=255)aCCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCa < 2:715872/150‑1 (MQ=255) caccAGCTGTCGACAGCTGATGGTACCGGTTGACCGTGACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGc > 2:8994035/4‑150 (MQ=255) 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cccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTATCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCgg > 1:2717358/1‑150 (MQ=255) ccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCggg < 2:1306705/150‑1 (MQ=255) ccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCggg < 1:5009509/150‑1 (MQ=255) ccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCggg < 1:600976/150‑1 (MQ=255) cccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCgggg < 2:2791908/150‑1 (MQ=255) cATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCgggggg < 1:3634113/150‑3 (MQ=255) aTCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGa < 2:8140278/150‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGTCTGGCCTCATTGGAACCTTAGCTTCCTTTCTCGGAAGACAGTCAAACTCACTGTGACCCTCTAAATAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGc < 1:382975/150‑1 (MQ=255) gggCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGcc > 1:1014544/1‑150 (MQ=255) gggCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGcc > 2:4622158/1‑150 (MQ=255) cAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTc < 2:2146105/150‑1 (MQ=255) tttGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCa > 2:7845872/1‑150 (MQ=255) tttGGGTCGATTGCAGCCGGACACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCa < 2:6409075/150‑1 (MQ=255) tGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCAcc < 1:8270419/150‑1 (MQ=255) gTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaa > 2:1650010/1‑150 (MQ=255) gTCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCAcctcc > 2:6270721/1‑147 (MQ=37) tCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGAGTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaaa > 1:4725343/1‑150 (MQ=255) tCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaaa > 2:5968195/1‑150 (MQ=38) tCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCAAAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaaa > 1:1716278/1‑150 (MQ=37) gATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATc > 2:846183/1‑150 (MQ=255) tGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTg > 2:1734406/1‑96 (MQ=25) | ACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCG > NC_002947/2173612‑2173910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |