| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,173,769 | A→G | 5.6% | intergenic (+339/+64) | PP_5484 → / ← PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,173,769 | 0 | A | G | 5.6% | 868.7 / 23.9 | 270 | intergenic (+339/+64) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (115/139); new base G (8/7); total (123/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAATACC > NC_002947/2173621‑2173918 | tGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCAc > 2:310607/1‑150 (MQ=255)tGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCAc < 1:5509712/150‑1 (MQ=255) tCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGa > 2:8469874/1‑150 (MQ=255) aGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGc > 2:2571452/1‑150 (MQ=255) tggtggTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGc > 1:721646/1‑150 (MQ=255) gtggtACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCAt > 2:1729161/1‑150 (MQ=255) gtggtACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCAt > 2:6328656/1‑150 (MQ=255) ggtACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACAGGCAGCTATGGGTCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATc < 1:9065325/150‑1 (MQ=37) 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ggTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCaaa < 1:5178050/150‑1 (MQ=255) gTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAAc > 1:2913728/1‑150 (MQ=255) ggggcgggCCCCCCCAACCGGGCTGCTATGCCCA‑GCATGGTTTGTTGTTTCGCGGCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCAc < 1:2571541/144‑1 (MQ=255) ggACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACt < 2:9159627/150‑1 (MQ=255) gcttgttccccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTgg < 1:2788323/143‑1 (MQ=255) 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cATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 2:8816326/150‑1 (MQ=255) cATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 2:1769220/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa < 1:3408140/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa < 2:7262882/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa > 1:3978498/1‑150 (MQ=255) 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gtTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGTCTCTGGGATTTGGGATATGAAGCCTAAt < 2:7103432/150‑1 (MQ=255) gtTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAAt > 1:4162078/1‑150 (MQ=255) gtTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAAt > 1:2054130/1‑150 (MQ=255) ttAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATg < 1:8709426/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACCGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGa < 2:5396358/150‑1 (MQ=255) gccgccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAg < 1:4084351/150‑1 (MQ=255) gccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa < 1:432969/130‑1 (MQ=255) gccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCt > 2:481777/1‑150 (MQ=255) ccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCggg < 2:8461098/150‑1 (MQ=255) ccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCggg < 1:600195/150‑1 (MQ=255) cccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCgggg < 2:2791908/150‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGTCTGGCCTCATTGGAACCTTAGCTTCCTTTCTCGGAAGACAGTCAAACTCACTGTGACCCTCTAAATAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGc < 1:382975/150‑1 (MQ=255) gggCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGcc > 1:1014544/1‑150 (MQ=255) gggCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGcc > 2:4622158/1‑150 (MQ=255) gggCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGcc < 2:1624253/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTCACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTc < 2:7896218/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTc < 2:3063122/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTc < 2:2146105/150‑1 (MQ=255) tatGGGTCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGAttt > 2:5572799/3‑106 (MQ=18) tatGGGTCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGAttt < 1:5572799/104‑1 (MQ=18) tGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCAcc < 1:8270419/150‑1 (MQ=255) gTCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCAcctcc > 2:6270721/1‑147 (MQ=37) tCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCAAAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaaa > 1:1716278/1‑150 (MQ=37) tCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCAAAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaaa > 2:348237/1‑150 (MQ=37) cGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAAt < 2:577051/150‑1 (MQ=255) gATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATc > 1:6132820/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGCCGGTCTCGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCa < 1:3460095/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAAcc > 1:945478/1‑150 (MQ=255) ccGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTaa > 1:7666314/1‑106 (MQ=255) ggTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCaa > 1:1520978/1‑150 (MQ=255) gTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAAt < 2:2058119/150‑1 (MQ=255) aCGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAATAcc < 2:1183006/150‑1 (MQ=255) | TGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAATACC > NC_002947/2173621‑2173918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |