| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,173,770 | C→T | 5.7% | intergenic (+340/+63) | PP_5484 → / ← PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,173,770 | 0 | C | T | 5.7% | 837.7 / 24.7 | 263 | intergenic (+340/+63) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/135); new base T (8/7); total (121/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAATACCC > NC_002947/2173621‑2173919 | tGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCAc < 1:5509550/150‑1 (MQ=255)tGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCAc > 2:7051224/1‑150 (MQ=255) tCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGa > 2:8469874/1‑150 (MQ=255) 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tAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACt > 1:4786247/1‑150 (MQ=255) ggggcgggCCCCCCCAACCGGGCTGCTATGCCCA‑GCATGGTTTGTTGTTTCGCGGCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCAc < 1:2571541/144‑1 (MQ=255) ggACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACt < 2:9159627/150‑1 (MQ=255) gcttgttccccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTgg < 2:2558118/143‑1 (MQ=255) gcttgttccccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTgg < 1:1799644/143‑1 (MQ=255) 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cATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 2:1769220/150‑1 (MQ=255) cATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 1:144105/150‑1 (MQ=255) cATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 1:7610912/150‑1 (MQ=255) cATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 1:658687/150‑1 (MQ=255) cATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 2:8816326/150‑1 (MQ=255) cATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 2:583186/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa < 1:3408140/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa > 1:3978498/1‑150 (MQ=255) tCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa < 2:7262882/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa > 1:8583693/1‑150 (MQ=255) 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gccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa < 1:432969/130‑1 (MQ=255) gccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCt > 2:481777/1‑150 (MQ=255) ccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCggg < 2:8461098/150‑1 (MQ=255) ccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCggg < 1:5009509/150‑1 (MQ=255) ccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCggg < 1:600195/150‑1 (MQ=255) cccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCgggg < 2:2791908/150‑1 (MQ=255) ccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGt > 1:2860491/1‑150 (MQ=255) cATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCgggggg < 1:3634113/150‑3 (MQ=255) cGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGTCTGGCCTCATTGGAACCTTAGCTTCCTTTCTCGGAAGACAGTCAAACTCACTGTGACCCTCTAAATAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGc < 1:382975/150‑1 (MQ=255) gggCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGcc > 1:1014544/1‑150 (MQ=255) gggCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGcc < 2:1624253/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTCACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTc < 2:7896218/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTc < 2:2681797/150‑1 (MQ=255) tatGGGTCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGAttt < 1:5572799/104‑1 (MQ=18) tatGGGTCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGAttt > 2:5572799/3‑106 (MQ=18) tGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCAcc < 1:8270419/150‑1 (MQ=255) gTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTAAAACTCACTGGGACCCTATAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaa > 1:6018040/1‑150 (MQ=255) tCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCAAAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaaa > 2:348237/1‑150 (MQ=37) tCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCAATCGACCCAAAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGaaa > 1:1716278/1‑150 (MQ=37) cAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAAcc > 1:945478/1‑150 (MQ=255) gCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGc > 2:6259559/1‑150 (MQ=255) ccGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTaa > 1:7666314/1‑106 (MQ=255) ggTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCaa < 2:4960892/150‑1 (MQ=255) ggTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCaa > 1:1520978/1‑150 (MQ=255) gTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAAt < 2:2058119/150‑1 (MQ=255) aCGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAATAcc < 2:1183006/150‑1 (MQ=255) cGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAATAccc < 2:5498283/150‑1 (MQ=255) | TGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCAAACCGCCAATACCC > NC_002947/2173621‑2173919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |