| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,235,078 | C→G | 5.7% | intergenic (+73/+158) | PP_1971 → / ← PP_t63 | hypothetical protein/tRNA‑Asn |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,235,078 | 0 | C | G | 5.7% | 762.0 / 8.9 | 251 | intergenic (+73/+158) | PP_1971/PP_t63 | hypothetical protein/tRNA‑Asn |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/119); new base G (3/14); total (118/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
CGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCGGATCGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGAAAAAGCCCCCGGTTGCTTGCGCATCCGGGGGCTTCT > NC_002947/2234929‑2235227 | gCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCGGATCGGTGGTGGACACACATCg > 2:5090162/1‑150 (MQ=255) gCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCGGATCGGTGGTGGACACACATCg > 2:1169063/1‑150 (MQ=255) aTGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGGGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCGGATCGGTGGTGGACACACATCggt < 2:2350162/150‑1 (MQ=255) 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TACACCGGATCGGGGGTGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGAAAAAGcccc > 2:5630849‑M1/1‑150 (MQ=255) acCGGATCGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGaaaa > 1:475723/1‑141 (MQ=255) cGGATCGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGAAAAAGCCCCCGGtt > 1:433596/1‑150 (MQ=255) ttggtgggtggACAAACTGGGGTGGTTGAACCCCGGCCGTCGTTGGCGGGGGTTAACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGAAAAAGCCCCCGGttgct < 1:4125259/144‑1 (MQ=25) tCGGTGGTGGACACACTTGGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGAAAAAGCCCCCGGttgctt < 2:7649454/150‑1 (MQ=255) 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aTCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGAAAAAGCCCCCGGTTGCTTGCGCATCCGGGGGctt > 2:2888364/1‑150 (MQ=255) aTCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGAAAAAGCCCCCGGTTGCTTGCGCATCCGGGGGctt > 2:4375572/1‑150 (MQ=255) | CGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCGGATCGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGCGCAACGAAAAAGCCCCCGGTTGCTTGCGCATCCGGGGGCTTCT > NC_002947/2234929‑2235227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |