| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,249,778 | T→C | 6.3% | S596G (AGC→GGC) ‡ | PP_1983 ← | PAS/PAC/GAF sensor‑containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,249,778 | 0 | T | C | 6.3% | 798.4 / 26.6 | 253 | S596G (AGC→GGC) ‡ | PP_1983 | PAS/PAC/GAF sensor‑containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (117/120); new base C (9/7); total (126/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GCGGGCGGTCAGCAGCAGGCAATCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCGGTGATGGTGATGGCGTCGGGGC > NC_002947/2249629‑2249927 | gcgggcggTCAGCAGCAGGCAATCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCgcgct < 1:6787248/150‑1 (MQ=255) gggcggTCAGCAGCAGGCAATCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCgcgctgc < 1:8047019/150‑1 (MQ=255) gggcggTCAGCAGCAGGCAATCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCgcgctgc < 1:9084172/150‑1 (MQ=255) 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agGCAATCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGtcgtcg < 2:6440396/150‑1 (MQ=255) aaTCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGccc > 1:5774621/1‑150 (MQ=255) aaTCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGccc > 1:8374740/1‑150 (MQ=255) aTCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCa < 2:4335352/150‑1 (MQ=255) cACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGAt < 2:7360735/150‑1 (MQ=255) cACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGAt > 2:6189700/1‑150 (MQ=255) cACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGAt < 2:834029/150‑1 (MQ=255) cTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGAGCGTGTGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGc > 2:5422994/1‑150 (MQ=255) cTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGc < 2:1802016/150‑1 (MQ=255) ttCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCa < 2:5085684/144‑1 (MQ=255) 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ccGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGcc > 2:6143773/1‑150 (MQ=255) ccGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGcc > 1:2576027/1‑150 (MQ=255) cgcTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTGGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGGTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTgg > 1:4745060/1‑150 (MQ=255) gcTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGc > 1:1813830/1‑150 (MQ=255) cTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCg > 1:2057495/1‑150 (MQ=255) tCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGGCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTCGCGGCCGCTGTGGCGt > 2:7688648/1‑150 (MQ=255) gcgcAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCCCTGCCTCAGTGCGGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGGCGTTGACCGCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCgggc > 2:8865840/1‑147 (MQ=255) gcgcAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACGTCCTCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTCGCGGCCGCTGTGGCGTTc > 2:7144821/1‑150 (MQ=255) gcAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCgg < 1:5517283/150‑1 (MQ=255) aaCTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtg > 1:2834221/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtga < 2:2482060/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtgat > 2:7653593/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtgat > 1:122549/1‑150 (MQ=255) acaagcagcGCAGCGCGCTGCTGGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtgatggtg > 1:4146246/4‑150 (MQ=255) cgagttgcgcgcTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtgatggtga < 2:3501132/144‑1 (MQ=255) ccAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtgatggtga < 2:1220636/150‑1 (MQ=255) ccAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtgatggtga < 2:5538364/150‑1 (MQ=255) cagcagCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtgatggtgat < 2:7861591/150‑1 (MQ=255) cagcagCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCggtgatggtgat < 2:7862184/150‑1 (MQ=255) agcagcGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGGTCGgtgatggtgatg > 2:3044427/1‑150 (MQ=255) gcagcgcagcGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCGGtgatggtgatgg > 2:2136090/1‑150 (MQ=255) | GCGGGCGGTCAGCAGCAGGCAATCCACTTCGTTGAGGGTGATCGGTTCCACCGAAACCTCGACCGTGAGGATATCGCCACGCTTGTTGCGCCCGAGCATCTCGCGGTGGTGTACCCGGCCGCGCTCGCGCAACTCGGCCAGCAGCGCGCTGCGCTGCTTGTCGTCGGCCCAGATGCCGATCTCATACACCGTGTGGCCGATCACTTCATCAGTGCTGTAGCCGGTCAGGCGGCAGAAGCCGTCGTTGACCTCCAGGTAGCGGCCGCTGTGGCGTTCGGTGATGGTGATGGCGTCGGGGC > NC_002947/2249629‑2249927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |