Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,253,195 | T→C | 7.1% | D187D (GAT→GAC) | leuC → | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,253,195 | 0 | T | C | 7.1% | 1226.8 / 52.6 | 398 | D187D (GAT→GAC) | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (238/128); new base C (14/14); total (254/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 |
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
ACTCACGGCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCT > NC_002947/2253046‑2253344 | cTCACGGCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGata > 2:6485878/1‑150 (MQ=255) cTCACGGCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGata > 2:5194530/1‑150 (MQ=255) tCACGGCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGata < 2:5258525/149‑1 (MQ=255) ggCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTg > 2:5772958/1‑150 (MQ=255) ggCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTg > 2:6625381/1‑150 (MQ=255) ggCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTg < 1:2919321/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGcc > 2:897200/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCACCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGcc > 2:2585914/1‑150 (MQ=255) gtCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGcc < 2:7208446/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCg > 1:8316191/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCgg > 2:3730111/1‑150 (MQ=255) ttGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGc > 2:429019/1‑150 (MQ=255) ggCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCaa < 1:5194530/150‑1 (MQ=255) 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gaagaTGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAAtt < 1:6598383/150‑1 (MQ=255) gaagaTGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAAtt > 2:7413341/1‑150 (MQ=255) gaagaTGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAAtt < 2:124267/150‑1 (MQ=255) aTGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCg > 2:6148207/1‑150 (MQ=255) gaagaaCATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGAt > 1:9050182/1‑150 (MQ=255) 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aGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTgg < 1:6485878/150‑1 (MQ=255) tatCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCt > 2:1497064/1‑150 (MQ=255) | ACTCACGGCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCT > NC_002947/2253046‑2253344 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |