| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,253,249 | C→G | 6.8% | A205A (GCC→GCG) ‡ | leuC → | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,253,249 | 0 | C | G | 6.8% | 1316.1 / 62.8 | 394 | A205A (GCC→GCG) ‡ | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (216/151); new base G (14/13); total (230/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
CACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTACGCGCC > NC_002947/2253100‑2253398 | cGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCAt < 1:3691843/150‑1 (MQ=255) cGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCAt > 1:3364236/1‑150 (MQ=255) gTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATg < 2:6448898/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |