Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,283,970 | T→A | 5.2% | F276Y (TTC→TAC) | PP_2009 → | 1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,283,970 | 0 | T | A | 5.2% | 680.0 / 8.9 | 209 | F276Y (TTC→TAC) | PP_2009 | 1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/92); new base A (2/10); total (107/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CGACGCCTGCCGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCC‑GGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGT > NC_002947/2283821‑2284119 | cgacgCCTGCCGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGtt < 2:6949743/150‑1 (MQ=255) gacgCCTGCCGTGGCGGTGTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTAGCCCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTc < 2:7666097/150‑1 (MQ=255) gCCTGCCGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAg < 2:6260173/150‑1 (MQ=255) 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tgGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCC‑GGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGtata > 2:5734574/1‑150 (MQ=255) cTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCC‑GGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGccc < 2:8016685/150‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGCTGTTCAAGCCC‑GGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCaa < 2:349513/150‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGCTGTTCAAGCCC‑GGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCaa < 1:5939503/150‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGCTGTTCAAGCCC‑GGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCACGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCaa < 2:1890855/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |