Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,297,739 | T→G | 8.2% | intergenic (+20/+113) | PP_5496 → / ← PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,297,739 | 0 | T | G | 8.2% | 805.0 / 44.8 | 257 | intergenic (+20/+113) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/124); new base G (20/2); total (131/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
ATCGGTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGC > NC_002947/2297590‑2297887 | aTCGGTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCt > 1:3385322/1‑150 (MQ=255) tCGGTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCtt < 1:3992461/150‑1 (MQ=255) ggTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCCCAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTtgt < 2:1190193/150‑1 (MQ=255) ggTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTtgt < 1:7477802/150‑1 (MQ=255) gTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTtgtg > 1:158958/1‑150 (MQ=255) gTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTtgtg > 1:5255037/1‑150 (MQ=255) tCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTgg < 2:1468319/150‑1 (MQ=255) gTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGa < 2:506646/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCg < 2:2363774/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCg < 1:7490213/150‑1 (MQ=255) agtttgccggggtcgaaccgcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagttgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacataGGTCCTTGTGGGAGCg > 2:8551591‑M1/135‑150 (MQ=255) tGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCgg < 1:4315207/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCgg < 1:2521042/150‑1 (MQ=255) 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caccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGAc > 2:553324/1‑150 (MQ=255) caccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACCGACCCAAGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGAc > 1:2980774/1‑150 (MQ=255) caccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCATCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCCGCCCGAGGTTTAATCAGCGGAc > 2:8439601/1‑150 (MQ=255) caccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCCCGTCGCGGGCCTGCCCCCGCCCCCACCGCCCCAAGTGCACCCCCAAGGTTAAACAGCGGAc > 1:284416/1‑150 (MQ=25) accacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCCCGCCCACCCCGACCCAAGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGAcc > 1:1634851/1‑150 (MQ=37) cacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCCCTTCGCGGGCAAGCCCGCACCCACACCGACCCAAGTGCAGCCCCATGTTTAATAAGCGGAccct > 1:2703356/1‑148 (MQ=37) acTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATg > 2:4747741/1‑150 (MQ=255) tGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCCGGCCTGCCCCCTACCACACGGACCCAATTGCCGCCCCAAGTTTAATAAGCGGACCATGAt > 1:7136391/1‑150 (MQ=25) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCCGCCCGATGTTTAAACAGCGGACCCAGATTGCCTTg > 1:2993216/1‑150 (MQ=37) ttGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATAAGCGGACCATGATTGCCTTGaa > 1:1439591/1‑150 (MQ=255) ttGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCAGCCCCCGCCCCCACCGACCCAAGTGCAGCCCCAAGTTTAAACAGCCGCCCAAGATTTccattaa > 1:8615441/1‑145 (MQ=21) ttGTGGGTGGTCCTTGGGGGAGGGGGCAGGCCCGCGAACCCCGGCCGCGCCGGGGCCATCCCCCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCTGCCCCGCACCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGaa < 1:5454265/150‑1 (MQ=255) gtgtgtGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACa < 1:9100992/150‑1 (MQ=255) gtgtgAGGTCCTTGTGGGAGCTGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCCCGTCGCGGGCAATCCCCCTCCCACACCGACCCAAGTGCAGCCCCATGTTTAATAAGCGGACCAAGATTTCCTTGAACa > 1:8451249/1‑150 (MQ=25) gAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTc < 2:5255037/150‑1 (MQ=255) CTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGc > 1:3683217‑M1/1‑63 (MQ=255) CTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGc < 2:6272749‑M1/150‑1 (MQ=255) | ATCGGTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGC > NC_002947/2297590‑2297887 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |