| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,297,794 | T→G | 10.1% | intergenic (+75/+58) | PP_5496 → / ← PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,297,794 | 0 | T | G | 10.1% | 689.6 / 15.1 | 257 | intergenic (+75/+58) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (149/70); new base G (4/28); total (159/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
ACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACT > NC_002947/2297646‑2297943 | cgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgGGTCCGTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGtgg < 1:1997155‑M1/63‑2 (MQ=255) aGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGcc < 2:5458111/150‑1 (MQ=255) aGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGcc < 1:35871/150‑1 (MQ=255) 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> 2:751215/1‑150 (MQ=255) gCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGCCGCTTCGCGGGCCTGCCCGCGCCCACACCGTCCCAATTGCAGCCCGAATTTTAATAAGc > 1:1922464/1‑150 (MQ=25) gCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGc < 2:6522813/150‑1 (MQ=255) gCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAAGGACCCATGTGAAGCCCGATGTTTAATCAGc > 1:7409010/1‑150 (MQ=255) ccaccaccccTGATGGGGGTGGTGTGCGGCCCTTGTGGGCGCGGGCAGCCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGGCCCCGCTGCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGc < 1:3524613/149‑1 (MQ=25) caccaccacTTATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCTGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCg < 2:6974318/150‑1 (MQ=255) 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agagCCGGTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCgg < 2:3855798/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACCCGGACCCATGTGCCGCCCGAGGTTTAATCAGCGGACCATGCTTGCCTTGAACAGCGCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATaa > 2:2229114/1‑150 (MQ=255) ggTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAg > 2:4126233/1‑102 (MQ=255) gTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCACCTCCGCACACGCGGATAAgcc > 2:3279317/1‑150 (MQ=255) tGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccg > 2:5904787/1‑150 (MQ=255) gCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccgc < 2:6438953/150‑1 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCGCCCCCACGGCCCCAGGTGCCGCCCGCGGTTTAAGCCGCCGCCCCGGCGTGCCGTGAACCGCGCCCCCGCCCGCCCCCCCGCCCGCCCGCGCCGCCCCCGCGGCGAAgccgcc > 2:2346641/1‑150 (MQ=255) cATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGCAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCCCACGCGGATAAGCCGCCt > 2:8597778/1‑150 (MQ=255) cATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAAGTGCAGCCCCATGTTTAATCAGCGGACCATGATTTCCATGAACAGCAACGAAGCCAGCCACCCCACCAGCCAGCTCCGCACACCCGGATAAaccgcca > 1:3738674/1‑149 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACAcgcg < 1:6175430/137‑1 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTc > 2:3577901/1‑150 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCCCACGGACCCAGGTGCAGCCCGCTGTTTAATCAGCGGCCCCTGATTGCCGTGAACAGCGCCGAAGCCCGCCCCCCCGCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGAGAAgccgccgc > 2:7214846/1‑148 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACAcgcg > 2:6175430/1‑137 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCGTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccgccgc > 2:3833671/1‑148 (MQ=255) tCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCg > 2:4366706/1‑150 (MQ=255) ccccGCGGGGCCGGATTCGCGGGCATCCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGc < 1:7675201/148‑1 (MQ=255) aCCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCAAGCCCCCTCCCACACCGACCCAAGTGCAGCCCCATGTTTAATAAGCGGAACATGATTTCCATGAAAAGCAACCAAGCCAGCCACCCCACCACCCAGCAACGCACACGCGGATAAGCCGCCACGGCg > 1:1791525/1‑150 (MQ=255) cgcgGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGaa < 1:8604535/150‑1 (MQ=255) gcgGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAAc < 2:403148/150‑1 (MQ=255) gcgGTGCCCGCGTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAAc < 1:3677493/150‑1 (MQ=255) tGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACt > 1:3848839/1‑150 (MQ=255) | ACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACT > NC_002947/2297646‑2297943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |