| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,297,801 | T→G | 9.6% | intergenic (+82/+51) | PP_5496 → / ← PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,297,801 | 0 | T | G | 9.6% | 626.7 / 3.8 | 263 | intergenic (+82/+51) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (130/96); new base G (29/4); total (162/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTC > NC_002947/2297653‑2297950 | cGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTcgc < 1:3273362/150‑1 (MQ=255) gAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTcgcg > 1:213356/1‑150 (MQ=255) ctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgGGTCCGTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTtcgcgt > 1:545787‑M1/77‑149 (MQ=255) 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acacCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGc < 2:158958/150‑1 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGca > 2:8592879/1‑150 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCCCTCCCACACGGACCCAAGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGGCCATGATTTCCTTGAACAGCTCCCAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGca > 1:8750280/1‑150 (MQ=255) cGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCCGGCATGCCCGCTCCCACACCGACCCATGTGCAGCCCGCGGTTTAATCAGCGGACAATGATTGCCTTGAACAGCTCCCAAGCCCGCCCCCCCGCCAGCCAGCTACGCacac > 1:2230629/1‑150 (MQ=38) ggCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCCGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGGTTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACAcg > 2:9136630/1‑150 (MQ=255) gCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACAcgc > 2:1706589/1‑150 (MQ=255) agagCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCCGGCAAGCCCGCGCCCACACCGACCCAAGTGCCGCCCCATGTTTAATCAGCGGCACCTGAGTGCCGTGAACAGCACCCCAGCCCCCCACCCCACCACCCACCGCAGCACACCCgg > 1:2399983/1‑150 (MQ=255) ccGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGTTGTTTAATCAGCGGACCATGTTTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACCCGCGGATaa > 1:9104781/1‑150 (MQ=255) ggTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAg > 2:4126233/1‑102 (MQ=255) ggTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAg < 1:4126233/102‑1 (MQ=255) gTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCCTGATTGCCTTGAACAGCTCCCAAGCCAGCCCCCCCACCAGCCAGCTCCGCACACCCGGATAAgcc > 2:3181622/1‑150 (MQ=255) gTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCACCTCCGCACACGCGGATAAgcc > 2:3279317/1‑150 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCGCCCCCACGGCCCCAGGTGCCGCCCGCGGTTTAAGCCGCCGCCCCGGCGTGCCGTGAACCGCGCCCCCGCCCGCCCCCCCGCCCGCCCGCGCCGCCCCCGCGGCGAAgccgcc > 2:2346641/1‑150 (MQ=255) cATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAAGTGCAGCCCCATGTTTAATCAGCGGACCATGATTTCCATGAACAGCAACGAAGCCAGCCACCCCACCAGCCAGCTCCGCACACCCGGATAAaccgcca > 1:3738674/1‑149 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCCGCGGACCCTGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCACCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTc > 2:4119669/1‑150 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCGTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccgccgc > 2:3833671/1‑148 (MQ=255) ccccGCGGGGCCGGATTCGCGGGCATCCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGc < 1:7675201/148‑1 (MQ=255) cgcgGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGaa < 1:8604535/150‑1 (MQ=255) gCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTg < 2:213356/150‑1 (MQ=255) cccGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGc < 2:2285380/150‑1 (MQ=255) cccGCTTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGGACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGc < 1:1400497/150‑1 (MQ=255) ccGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCg > 1:14305/1‑150 (MQ=255) cGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCgg < 1:4562457/150‑1 (MQ=255) cGCTACGCGGGCATGCCCGCACCCACACGCACCCATGTGCAGCCCCATCTATAATCACCGTACAATGATAGCCATGAACAGCTCCGAAGCAAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGAACACGCGGATCAGCCCCCTCGCCGAACCACTGCgg > 2:8073873/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGtt > 2:1624241/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCTGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTc < 1:644246/150‑1 (MQ=255) | CACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTC > NC_002947/2297653‑2297950 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |