Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,795,726 | A→C | 8.2% | intergenic (+70/+57) | PP_2445 → / ← PP_2446 | membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,795,726 | 0 | A | C | 8.2% | 565.3 / 32.3 | 184 | intergenic (+70/+57) | PP_2445/PP_2446 | membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/90); new base C (7/8); total (85/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
GTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGACGCCGCACGAT > NC_002947/2795581‑2795875 | gTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAAcgc < 2:5409263/150‑1 (MQ=255) ttCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAAcgcg < 1:9065786/150‑1 (MQ=255) ctcGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGaa < 1:503672/150‑1 (MQ=255) 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gcgTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCAt > 1:2987079/1‑150 (MQ=255) gcgTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCAt > 2:8484611/1‑150 (MQ=255) gcgTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCAt < 2:724425/150‑1 (MQ=255) gTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGGGGTGTGCATGa > 2:5844275/1‑150 (MQ=255) tGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGAc > 1:6980002/1‑150 (MQ=255) 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tGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGACGCCGCa > 2:3262622/1‑150 (MQ=255) | GTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAGGGGCGCCTCGCGCCCCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGACGCCGCACGAT > NC_002947/2795581‑2795875 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |