| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,826,483 | A→C | 5.1% | E44A (GAG→GCG) | PP_2478 → | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,826,483 | 0 | A | C | 5.1% | 742.4 / 21.1 | 241 | E44A (GAG→GCG) | PP_2478 | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (131/97); new base C (6/7); total (137/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CAGGTTGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGATGGTCGCCG > NC_002947/2826334‑2826632 | cAGGTTGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGa < 1:2506878/150‑1 (MQ=255) ttGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAggcg > 2:5004995/1‑150 (MQ=255) gaggCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGc > 1:3878834/1‑150 (MQ=255) 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aaaaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTg < 1:1323414/150‑1 (MQ=255) aaaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTgg < 1:1533400/150‑1 (MQ=255) aaaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTgg > 1:8340260/1‑150 (MQ=255) ccTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAATGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGAt > 1:3785626/1‑150 (MQ=255) ccTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGAt < 1:5958299/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |