Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,078,059 | T→G | 6.7% | intergenic (‑42/+32) | PP_2685 ← / ← PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,078,059 | 0 | T | G | 6.7% | 572.4 / 27.4 | 227 | intergenic (‑42/+32) | PP_2685/PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/82); new base G (9/7); total (137/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.31e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GACGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGAC > NC_002947/3077910‑3078206 | gAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgc > 2:5153408/1‑150 (MQ=255) gAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgc > 2:8470713/1‑150 (MQ=255) gAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgc > 2:2677433/1‑150 (MQ=255) gAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGAAAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTACCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgc > 2:7284854/1‑150 (MQ=255) aacaacTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgcg > 1:1207627/1‑150 (MQ=255) caacTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgcgcg > 2:1905652/1‑150 (MQ=255) acTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGc < 1:1617775/150‑1 (MQ=255) cTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCa > 1:7065551/1‑150 (MQ=255) ttGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCGCGAGTGCGGCaa < 1:8061855/150‑1 (MQ=255) ttGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCaa < 1:5828563/150‑1 (MQ=255) ttGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCaa < 2:3928070/150‑1 (MQ=255) ggTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCGCGAGTGCGGCAAGa < 1:3513605/150‑1 (MQ=255) gTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGAc < 1:5298424/150‑1 (MQ=255) 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cACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGa < 1:6607814/150‑1 (MQ=255) | GACGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGAC > NC_002947/3077910‑3078206 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |