Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,078,060 | C→A | 7.6% | intergenic (‑43/+31) | PP_2685 ← / ← PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,078,060 | 0 | C | A | 7.6% | 625.6 / 27.8 | 211 | intergenic (‑43/+31) | PP_2685/PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/82); new base A (11/6); total (123/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
ACGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGAC > NC_002947/3077911‑3078206 | aCGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTc < 1:8738613/150‑1 (MQ=255) gAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgc > 2:8470713/1‑150 (MQ=255) gAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgc > 1:584868/1‑150 (MQ=255) 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aacTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGGCACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCgg < 2:6044108/150‑1 (MQ=255) acTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGc < 1:1617775/150‑1 (MQ=255) ttGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCaa < 1:5021898/150‑1 (MQ=255) ttGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCaa < 2:3928070/150‑1 (MQ=255) ggTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCGCGAGTGCGGCAAGa < 1:3513605/150‑1 (MQ=255) 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ACGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGAC > NC_002947/3077911‑3078206 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |