Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,238,113 | G→T | 5.1% | G415C (GGT→TGT) ‡ | PP_2834 → | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,238,113 | 0 | G | T | 5.1% | 923.8 / 24.2 | 272 | G415C (GGT→TGT) ‡ | PP_2834 | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/113); new base T (6/8); total (151/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGG > NC_002947/3237966‑3238261 | cTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGt < 1:3211414/150‑1 (MQ=255) aCCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAg < 1:3840092/150‑1 (MQ=255) ccACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAgg < 1:2792171/150‑1 (MQ=255) cACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGATCAGGt > 1:6651844/1‑150 (MQ=255) ccTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCTGACCGGTGGCcga < 2:2739302/150‑2 (MQ=255) ccTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcga < 1:8048481/150‑2 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcggcg > 1:5359283/1‑150 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcggcg > 2:6342814/1‑150 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcggcg > 2:4491829/1‑150 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCCCGGCCACCTGACCGGTGGCcgaga < 1:3669545/150‑4 (MQ=255) cGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcggcgg > 2:3248078/1‑150 (MQ=255) cGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcggcgg < 1:8313220/150‑1 (MQ=255) gagaAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATAAGTACGCGCAAGCCTTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACTACCCGGTCTCGGCAACCGTTCAGGTGGCCGGCggg < 2:1561739/150‑1 (MQ=255) agaAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCTGACCGGTGGCcgagaccg < 1:2825613/150‑7 (MQ=255) ccTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCTGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACGGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCt < 1:7485710/150‑1 (MQ=255) gggCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGAt < 2:3004942/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATc < 1:4562178/150‑1 (MQ=255) gcgcAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCg > 1:774663/1‑150 (MQ=255) 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tCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGc > 1:3112209/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACAACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGc > 1:3037349/1‑150 (MQ=255) cAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGTCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTc > 1:8831381/1‑150 (MQ=255) cgCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTCCGCGCCAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGGGTTCATGGACACCCCCGGCTCCGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCg < 2:7718294/149‑1 (MQ=255) aGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCACGCCGTGCGCGCCCCGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCg < 1:6365553/150‑1 (MQ=255) 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ttCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTc < 2:5777788/150‑1 (MQ=255) cATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGa < 2:4150346/150‑1 (MQ=255) tGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGc > 2:4796201/1‑150 (MQ=255) acacCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCAcc > 1:4947471/1‑150 (MQ=255) cacCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCTGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCa < 1:1311210/150‑1 (MQ=255) ccccGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCa > 1:9082663/1‑150 (MQ=255) cccGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCaa < 2:8629869/150‑1 (MQ=255) ccGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAag > 2:2462342/1‑150 (MQ=255) aCGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACa < 1:3977256/150‑1 (MQ=255) aCCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATgg > 2:5509824/1‑150 (MQ=255) cccGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGa > 1:3906247/1‑150 (MQ=255) ccGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGAc > 1:3515345/1‑150 (MQ=255) cGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACCTGGACg > 2:8012690/1‑150 (MQ=255) cGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACg > 2:3849300/1‑150 (MQ=255) cGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACg > 2:2340761/1‑150 (MQ=255) 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aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc > 2:5093636/1‑150 (MQ=255) aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc < 1:7270980/150‑1 (MQ=255) | CTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGG > NC_002947/3237966‑3238261 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |