Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 233,832 | A→T | 13.8% | intergenic (+20/+43) | PP_0180 → / ← PP_0181 | cytochrome c family protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 233,832 | 0 | A | T | 13.8% | 568.2 / 71.3 | 242 | intergenic (+20/+43) | PP_0180/PP_0181 | cytochrome c family protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/125); new base T (14/19); total (98/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.59e-01 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TGAGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGCC > NC_002947/233683‑233981 | tGAGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCca < 2:2782035/150‑1 (MQ=255) tGAGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCca > 1:2394933/1‑150 (MQ=255) ttCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAgg < 1:3697334/150‑1 (MQ=255) tCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAggg < 1:13699/150‑1 (MQ=255) aCTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGAcc < 1:9036564/150‑1 (MQ=255) tggctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACcgc < 2:7638599/150‑1 (MQ=255) gctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCgcgc < 1:8070472/150‑1 (MQ=255) ctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCa < 1:3313621/150‑1 (MQ=255) ctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCa < 1:6026091/150‑1 (MQ=255) tggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCag < 1:4527826/150‑2 (MQ=255) tggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCaa < 1:9123914/150‑1 (MQ=255) gggATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAgg < 2:730192/150‑1 (MQ=255) gggATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAgg < 1:2714218/150‑1 (MQ=255) 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aTGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGa < 2:5752893/150‑1 (MQ=255) tGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGGCCGCGCGCGGGCTCAGAt > 1:203637/1‑150 (MQ=255) tGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCACGGTCTCAGAt > 2:5948831/1‑150 (MQ=255) tGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGAt > 2:493117/1‑150 (MQ=255) ccGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCt > 2:6043413/1‑150 (MQ=255) ccGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGGGCCACAGGGACCGCCCACCGTCTCAGAtat > 1:6237215/1‑148 (MQ=255) aTGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTgc > 2:5284736/1‑150 (MQ=255) aTGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGGGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTgc < 1:6477250/150‑1 (MQ=255) cTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGTCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCaa < 1:3244422/150‑1 (MQ=255) cTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTGCCCCAGGGACCGCGCAAGGGCTCAGATCTTGCGCaa > 1:7300225/1‑150 (MQ=255) 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gCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGa > 2:8292042/1‑150 (MQ=255) gCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGa < 2:1554510/150‑1 (MQ=255) cTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCGCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGAt < 2:2338241/150‑1 (MQ=255) tGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCgcgc > 2:6280917/1‑121 (MQ=255) tGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCgcgc < 1:6280776/121‑1 (MQ=255) ggCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCa < 2:4666248/150‑1 (MQ=255) cgcAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAgg < 1:3377832/150‑1 (MQ=255) aaGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGGCCCCCCCGGACCCCGCAACGGGTCCCATCTTTCGCAAGCCAGATGCTAAggctg > 1:1703678/1‑150 (MQ=255) gCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAggctggc < 1:1289737/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGAGCATCAggcttgct < 2:6532630/150‑1 (MQ=255) gTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTGCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTTGGCAAGCCTGATTCTCAGGCTTGCtgt > 1:5225159/1‑150 (MQ=255) 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gcgGTCCCTGTGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATc > 1:1076109/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTc > 1:5573639/1‑150 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 2:7491748/1‑150 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 1:2759670/1‑150 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 1:1745097/1‑150 (MQ=255) 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TGAGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGCC > NC_002947/233683‑233981 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |