Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 3,310,075 | G→T | 5.4% | S106I (AGC→ATC) | csiD → | carbon starvation induced protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,310,075 | 0 | G | T | 5.4% | 844.9 / 24.3 | 251 | S106I (AGC→ATC) | csiD | carbon starvation induced protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/129); new base T (2/12); total (110/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
ATTGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCACCGG > NC_002947/3309926‑3310223 | aTTGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAg > 2:3420572/1‑150 (MQ=255) aTTGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCAAGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAg > 1:6665678/1‑150 (MQ=255) ttGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGc < 1:24088/150‑1 (MQ=255) ttGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGc > 2:1014997/1‑150 (MQ=255) ggAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCa < 2:7897430/150‑1 (MQ=255) ggAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCa < 2:1246258/150‑1 (MQ=255) gTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGCTCACGTCATCCAGGc < 2:3584191/150‑1 (MQ=255) gTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGCTCACGTCATCCAGGc < 1:8386710/150‑1 (MQ=255) 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gTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGc > 1:2154024/1‑150 (MQ=255) gTACAAGTCGGTCCTGCGTGTTCGTGTATGCGAAATCCGGGACGCGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCTGAGGCGGCATGCGGATTACCCCGTTCGGCCTGGCTCCCGTCATCCAGGc < 2:6048139/150‑1 (MQ=255) aaGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGaa > 2:2557713/1‑150 (MQ=255) aaGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGaa > 1:3681997/1‑150 (MQ=255) aGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAg < 2:2471744/150‑1 (MQ=255) 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ccTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGt < 2:5532439/150‑1 (MQ=255) cTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTc > 1:7374945/1‑150 (MQ=255) tGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCa > 2:5231127/1‑150 (MQ=255) gCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCaa > 1:3313688/1‑150 (MQ=255) ttttCGTGTAGGCGAAATCGTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGCGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACTGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGtt > 2:8452941/1‑150 (MQ=255) ttttCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGtt < 2:3036176/150‑1 (MQ=255) ttttCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGtt > 1:7256433/1‑150 (MQ=255) ttttCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGtt < 2:1694086/150‑1 (MQ=255) gCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCt < 1:3626229/150‑1 (MQ=255) cGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTg > 1:117682/1‑150 (MQ=255) 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cgcgCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCgtg > 1:4686165/1‑150 (MQ=255) cgcgCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCgtg < 2:8080281/150‑1 (MQ=255) cgcgCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCgtg < 2:8079891/150‑1 (MQ=255) gcgcCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCgtgg < 2:8972138/150‑1 (MQ=255) gcCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCgtggtg < 1:4013566/150‑1 (MQ=255) acaGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTc > 1:5898135/1‑150 (MQ=255) caGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCa > 2:7168665/1‑150 (MQ=255) aGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCaa > 2:1076648/1‑150 (MQ=255) gcggcATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACa < 2:6665678/150‑1 (MQ=255) cggcATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAg < 2:4643500/150‑1 (MQ=255) ggcATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGc < 2:6778143/150‑1 (MQ=255) gcATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCgtggtg > 1:5204661/1‑140 (MQ=255) aTGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGAc > 2:4866279/1‑150 (MQ=255) tGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGcc < 1:4782330/84‑1 (MQ=255) gATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTc < 1:4495331/150‑1 (MQ=255) tACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGa < 1:443330/150‑1 (MQ=255) tACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGa < 2:1803547/150‑1 (MQ=255) catgtcttCGGCCTGGCTCACGTCATCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGAc > 1:6330156/8‑150 (MQ=255) ccccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACa < 2:3970605/150‑1 (MQ=255) cccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAg > 1:5113226/1‑150 (MQ=255) cccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAg > 2:5414064/1‑150 (MQ=255) tGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGcc > 1:5485606/1‑150 (MQ=255) tGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGcc > 1:5008591/1‑150 (MQ=255) gATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAg > 2:5112615/1‑150 (MQ=255) gTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCAc > 1:7901889/1‑150 (MQ=255) gTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCAc > 1:2538834/1‑150 (MQ=255) aGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCACCgg < 1:3891278/150‑1 (MQ=255) | ATTGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCACCGG > NC_002947/3309926‑3310223 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |