Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 233,834 | A→T | 13.9% | intergenic (+22/+41) | PP_0180 → / ← PP_0181 | cytochrome c family protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 233,834 | 0 | A | T | 13.9% | 581.6 / 76.3 | 242 | intergenic (+22/+41) | PP_0180/PP_0181 | cytochrome c family protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/124); new base T (15/19); total (98/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGCCCC > NC_002947/233685‑233983 | aGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCcaca < 2:1672225/150‑1 (MQ=255) gTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAg < 1:2769695/150‑1 (MQ=255) ttCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAgg < 2:3572732/150‑1 (MQ=255) tCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAggg < 1:13699/150‑1 (MQ=255) aCTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGAcc < 1:9036564/150‑1 (MQ=255) tggctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACcgc < 2:7638599/150‑1 (MQ=255) tggctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACcgc < 1:7269698/150‑1 (MQ=255) gctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCgcgc < 1:8070472/150‑1 (MQ=255) ctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCa < 1:3313621/150‑1 (MQ=255) ctggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCa < 1:1423569/150‑1 (MQ=255) tggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCag < 1:4527826/150‑2 (MQ=255) tggGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCaa < 1:9123914/150‑1 (MQ=255) gggggAGTCATGCCGCTGCCTACTCGCTGTCGGCGCCCGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTCCGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACCGGGACCGCGCaa < 2:5296990/149‑1 (MQ=255) gggATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAgg < 1:2714218/150‑1 (MQ=255) gggATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAgg < 2:730192/150‑1 (MQ=255) ttCTTGCCGTGGCCTACTCGGGGTGGGCGCACGCGGGGGCCTTGCTGGCAATCGTGTTCCTTTCGGGCCGCTGGTGGGGGGCCTAAACGCGCCGTGCTGCGGCCAACTGACTGGACCTTGCGGGGTCCCTGTGGGACCGCGCaggctcca < 2:8219076/150‑8 (MQ=255) ttCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGtctc < 2:7553813/150‑1 (MQ=255) ttCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGtctc < 2:3975402/150‑1 (MQ=255) tCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTCCGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCa < 1:4099364/150‑1 (MQ=255) tCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTCCGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCa < 2:514204/150‑1 (MQ=255) tCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCAGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCa < 1:8359911/150‑1 (MQ=255) aTGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGGGCGGTGCCACCGGGTCCGCGCAAGGTGTCAgt > 1:7813778/1‑149 (MQ=255) tGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGGCCGCGCGCGGGCTCAGAt > 1:203637/1‑150 (MQ=255) 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gCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCgg < 2:3278011/150‑1 (MQ=255) cttGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGc > 2:2538158/3‑150 (MQ=255) ccTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACAGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGc > 1:5182511/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCAGGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTa > 2:8486138/2‑90 (MQ=38) tGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTg > 2:6580349/1‑150 (MQ=255) tGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTg > 1:8721590/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGa < 1:5284736/150‑1 (MQ=255) gcgGTCCCTGTGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATc > 1:1076109/1‑150 (MQ=255) gcgGTCCCTGTGGGACCGCGCAAGGTCTCAGACCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATc > 2:7369118/1‑150 (MQ=255) cgGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCg < 1:6580349/150‑1 (MQ=255) ggTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCgg > 1:596726/1‑150 (MQ=255) gTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGt < 2:6329265/150‑1 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 2:7491748/1‑150 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 1:1745097/1‑150 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 2:8821129/1‑150 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAg > 2:1486196/1‑150 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGcc > 2:7460112/1‑150 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGcc > 1:7076558/1‑150 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGcc < 2:203637/150‑1 (MQ=255) caGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGccc < 2:1248478/150‑1 (MQ=255) aGGGACAGCGCAAGGACTAAGATCTTGCGCAAGCCTTATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTTGAAACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGccca > 2:4561109/1‑149 (MQ=255) | AGTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAGCCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGCCCC > NC_002947/233685‑233983 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |