| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,374,085 | T→C | 5.7% | intergenic (‑48/‑71) | csoR ← / → PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,374,085 | 0 | T | C | 5.7% | 1283.0 / 39.6 | 405 | intergenic (‑48/‑71) | csoR/PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (201/177); new base C (2/21); total (205/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
GATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCACACCT > NC_002947/3373936‑3374234 | gATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTCCGCTCGCATCCTATCCCCCt > 1:7627906/1‑150 (MQ=255)gATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCt > 1:8111593/1‑150 (MQ=255) tCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgg < 2:7507270/150‑1 (MQ=255) aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATTGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg > 1:7489396/1‑150 (MQ=255) aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGGGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 1:8806714/150‑1 (MQ=255) aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 1:2092350/150‑1 (MQ=255) aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 2:241794/150‑1 (MQ=255) tGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTggggg < 1:6695319/150‑1 (MQ=255) tGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCATATCCCCCTggggg < 1:6529195/150‑1 (MQ=255) aCGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGata < 1:3920392/150‑1 (MQ=255) gATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATg < 2:8865484/150‑1 (MQ=255) gATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATg > 2:6740791/1‑150 (MQ=255) gATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATg > 2:4221525/1‑150 (MQ=255) aTGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATgg > 1:3724580/1‑150 (MQ=255) aTGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCAGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGatagga < 1:1460936/150‑4 (MQ=255) tgctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCATATCCCCCCCAGGGGGataggat < 2:124593/150‑5 (MQ=255) tgctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTGTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCAGCGATGAATTACGCTCGCAGCCTATCCCCCTGGGGGGGATCTGGt > 2:1736936/1‑150 (MQ=255) gctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTc < 1:235183/150‑1 (MQ=255) 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ccTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAcccc > 1:8526349/1‑150 (MQ=255) ccTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAcccc > 2:1423410/1‑150 (MQ=255) cGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCa < 2:5679825/150‑1 (MQ=255) gCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAg < 2:1640488/150‑1 (MQ=255) cACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGa < 2:8577956/150‑1 (MQ=255) ttCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaacaac > 1:938166/1‑150 (MQ=255) cAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCa < 2:2553714/150‑1 (MQ=255) ttttGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGc > 1:7690911/1‑150 (MQ=255) tgatgaTATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTa < 1:6902137/150‑1 (MQ=255) gatgatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGGATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAg > 1:7112384/1‑150 (MQ=255) 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tACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGa < 2:3241775/150‑1 (MQ=255) aCGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGAt < 2:4522318/150‑1 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGcc > 2:3476226/1‑150 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGACATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGcc > 1:5967240/1‑150 (MQ=255) gCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTg < 2:3627925/150‑1 (MQ=255) cATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTgg > 2:5871469/1‑150 (MQ=255) cATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTgg > 2:480169/1‑150 (MQ=255) tATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTgg > 1:4562171/1‑145 (MQ=255) tATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCgg > 1:5068665/1‑150 (MQ=255) tATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCgg > 1:740347/1‑150 (MQ=255) 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GATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCACACCT > NC_002947/3373936‑3374234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |