| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,374,086 | G→C | 5.9% | intergenic (‑49/‑70) | csoR ← / → PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,374,086 | 0 | G | C | 5.9% | 1291.3 / 45.9 | 385 | intergenic (‑49/‑70) | csoR/PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (197/163); new base C (3/20); total (201/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 406 total aligned reads displayed.
ATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCACACCT > NC_002947/3373937‑3374234 | tCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgg < 2:7507270/150‑1 (MQ=255) aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATTGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg > 1:7489396/1‑150 (MQ=255) aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 1:881859/150‑1 (MQ=255) aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 1:2092350/150‑1 (MQ=255) gCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggggg < 1:3023105/150‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGat < 2:5787530/150‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGat < 1:6559408/150‑1 (MQ=255) aCGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGata > 1:7727834/1‑150 (MQ=255) aCGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGata < 2:6418222/150‑1 (MQ=255) aCGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGata < 1:3920392/150‑1 (MQ=255) gATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATg < 2:8865484/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATgg > 1:3724580/1‑150 (MQ=255) aTGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCAGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGatagga < 1:1460936/150‑4 (MQ=255) 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1:7693252/1‑150 (MQ=255) cATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGctct < 1:6644675/150‑1 (MQ=255) aTCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTg > 2:8756147/1‑150 (MQ=255) aTCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTg < 1:2839486/150‑1 (MQ=255) aTCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTg > 1:3990597/1‑150 (MQ=255) aTCGATGAATTACGCTCGAATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACACCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCATTGCTCTg > 2:842547/1‑150 (MQ=255) 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aCGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGAt < 2:2343114/150‑1 (MQ=255) aCGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGAt < 2:5159196/150‑1 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGcc < 2:3042357/150‑1 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGcc > 1:6285061/1‑150 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGACATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGcc > 1:5967240/1‑150 (MQ=255) 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ATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCACACCT > NC_002947/3373937‑3374234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |