Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,500,229 | C→G | 5.5% | intergenic (‑668/+38) | PP_5562 ← / ← PP_5563 | hypothetical protein/membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,500,229 | 0 | C | G | 5.5% | 837.7 / 26.3 | 251 | intergenic (‑668/+38) | PP_5562/PP_5563 | hypothetical protein/membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (107/130); new base G (5/9); total (112/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CCGCCACCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGAAGCACACCCGTTCATCGTTGACCCAG > NC_002947/3500080‑3500378 | ccgccACCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGc < 1:3111179/150‑1 (MQ=255) aCCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGcc > 2:2694503/1‑150 (MQ=255) aCCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGcc > 2:5138900/1‑150 (MQ=255) aCCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGcc > 1:4651321/1‑150 (MQ=255) cGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCcg < 1:563650/150‑1 (MQ=255) cATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCcgcg > 2:5462838/1‑150 (MQ=255) aggagcgGGCTTGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGa > 1:7236780/5‑150 (MQ=255) aTTCGCGGGCAATCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTCGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGGCTGCCCGCGa < 2:1913548/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCTCGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGaa < 1:4674043/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAcca > 1:365386/1‑150 (MQ=255) cgGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGGCTGCCCGCGaatgcg < 1:7492440/150‑5 (MQ=255) gCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGTGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGgc < 1:4422480/150‑1 (MQ=255) aaGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGGACACCGgcgc > 1:2811411/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGgcgc > 1:6913852/1‑150 (MQ=255) cgCCCGCTCATAAATCGAGAGTTGGAGACGCCAGGTCGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCa < 2:7896314/149‑1 (MQ=18) ccGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGcc > 1:7662447/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGcc > 2:2710100/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGccc > 1:3638894/1‑149 (MQ=255) 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cATCGACCGGTGGTGTCGCCAGTTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCTGCGCCGGtgttcgc < 1:4908184/150‑7 (MQ=21) cATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATc < 2:1539540/150‑1 (MQ=255) aTCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATcc > 2:2827522/1‑150 (MQ=255) aTCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGGTGCATcc > 2:796963/1‑150 (MQ=255) aCCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACt > 2:7323923/1‑150 (MQ=255) ggtggtGACGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCaa < 1:3793300/150‑1 (MQ=255) gtggtgTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAAc > 2:3857396/1‑150 (MQ=255) tgtCGCCTCGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGAcc < 2:2204326/150‑1 (MQ=255) tCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCAt > 2:620920/1‑150 (MQ=255) cGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATc < 1:2465801/150‑1 (MQ=255) 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gAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGa < 1:5038666/150‑1 (MQ=255) ggCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAGCGTCTCTGCCATCGATTGcc < 1:8959359/150‑1 (MQ=255) ggCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAATGTCTCTGCCATCGATTGcc < 1:5462838/150‑1 (MQ=255) gCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGgcg > 2:4631753/1‑85 (MQ=255) ccGGACCTGCCGGCCACTAGCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCtt < 1:5860591/150‑1 (MQ=255) cGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTg > 1:1580101/1‑150 (MQ=255) cGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTg > 1:4795154/1‑150 (MQ=255) aCCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCAt < 1:8283945/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATCCACCGTCACCGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCGGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCAt < 1:1015679/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGCCACTAACCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCAGCCCGCGAACACCCCCCCAGCCCGTTTCATCCAACTCAAAGACCATAGAACTGAACGCAAACGTATCTGCCATCGAAAGCCtgtcaagg > 1:5363706/1‑143 (MQ=25) tGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGc > 2:8263863/1‑150 (MQ=255) 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caGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGaa < 1:1750065/150‑1 (MQ=255) gccACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGAAGcaca < 2:23869/150‑1 (MQ=255) gccACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGAAGcaca < 1:8119349/150‑1 (MQ=255) gccACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGAAAATCGACCTGTAAGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATACGGCTTTAAGcaca > 1:4081689/1‑150 (MQ=255) cACCGCATTCGCGTGCTGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCAGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGTTCCGGGTTGAAGCACAcc < 2:430944/150‑1 (MQ=255) cggtgttCGCGGGCAGGCTGCCCGCGAATACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGaa > 2:9087035/6‑141 (MQ=255) cggtgttCGCGGGCAGGCTGCCCGCGAATACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGaa < 1:9087009/136‑1 (MQ=255) ccGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCCTGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGAAGCACACCCg > 2:4119461/1‑150 (MQ=255) ccGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGAAGCACACCCg < 2:3218001/150‑1 (MQ=255) cGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTctct > 1:3891411/1‑86 (MQ=255) cGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGAAGCACACCCGt < 2:1320368/150‑1 (MQ=255) 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CCGCCACCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCCGGCCACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATTCGCGGGCAGCCTGCCCGCGAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTGAAGCACACCCGTTCATCGTTGACCCAG > NC_002947/3500080‑3500378 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |