| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,581,959 | G→C | 14.1% | Q43H (CAG→CAC) | benR → | BenABC operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,581,959 | 0 | G | C | 14.1% | 553.5 / 13.1 | 210 | Q43H (CAG→CAC) | benR | BenABC operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/119); new base C (32/2); total (89/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
CGATACCGAGTGCCTTGCCTATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCTGTGGCGCGGACATAAGC > NC_002947/3581811‑3582107 | ccGAGTGCCTTGCCTATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGc < 1:5874486/150‑1 (MQ=255) ccGAGTGCCTTGCCTATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGc < 2:1763208/150‑1 (MQ=255) gTGCCTTGCCTATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCa < 1:9022883/150‑1 (MQ=255) tgccttgcctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAg < 2:4963865/150‑1 (MQ=255) tgccttgcctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAg < 1:1747625/150‑1 (MQ=255) ccttgcctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGcc < 1:175294/150‑1 (MQ=255) ttgcctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCAt < 1:6874928/150‑1 (MQ=255) tgcctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATc < 1:4798298/150‑1 (MQ=255) tgcctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATc < 2:1543746/150‑1 (MQ=255) gcctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCCCCACCCCCCCCCACGCCCGCCACCGCCAACg > 1:2417384/1‑150 (MQ=255) ctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCCCCACCCCCCCCCACGCCAGCCGCAGCCCTCGCa > 2:124197/1‑150 (MQ=255) ctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCACCCGCAGCCCACGCa > 2:6700511/1‑150 (MQ=255) ctATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCACGCCAGCCACAGCCAACGCa > 2:123874/1‑150 (MQ=255) tATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCCACCACCCCCACGCCACCCAAAGCCCTAGCaa > 1:5779301/1‑150 (MQ=255) tATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCaa < 2:4708662/150‑1 (MQ=255) tATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCaa < 2:6771125/150‑1 (MQ=255) tATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCACGCCCGCCGCCGCCCACGCaa > 2:8177690/1‑150 (MQ=255) aTGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCCGGCCCGCCACAGCCAACGCAAg > 2:5180572/1‑150 (MQ=255) 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gtgtTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTAt < 1:4974841/150‑1 (MQ=255) tttCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCCCGCCAGCCGCAGCCATCGCCAGTTCGCCGAGCGCGACCGGTGCCCGATCAGCTAAggc > 2:7067337/1‑150 (MQ=255) ttCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCCCAACAACCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCCAGTTAGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATAAGCAATtgcg > 2:231657/1‑150 (MQ=255) caccacGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATggcggc < 2:3144683/150‑1 (MQ=255) accacGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCa < 1:7701295/150‑1 (MQ=255) 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gACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCCCCACACCCACCCCCAGGCCACCCACAGCCCACGCAATGTACCCGAGCTCGACCGGTGGCCTATAATCGATTGCGGCCCTGTTagc > 2:5253411/1‑150 (MQ=255) cTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTGCCCCACCACCCCCCCCCACGCCAGCCAAACCCCACGCAACTTAGCCCAGCGAGACCAGTTCCCGATAAGCTATTGCGGCAGTGTTggcgggg > 1:1980633/1‑147 (MQ=255) cTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGa < 1:615607/150‑1 (MQ=255) ttACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGAc < 1:3729370/150‑1 (MQ=255) ttACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGAc < 1:8619828/150‑1 (MQ=255) 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ccccaacacccaccCCCAGGCCAGCCACAGCCATCGCAAGTTAGCCCAGCTCGACCGGGGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGGGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATAAACCACCAGCAAGTCTTTCGCAATGGCAACAGCCt > 2:3989768/7‑150 (MQ=255) ccGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGccg > 2:4546831/1‑149 (MQ=255) ccGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCGCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGGGGTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAAACATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGccg > 2:4933133/1‑149 (MQ=255) aagaaccaccCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCt > 2:3457630/5‑150 (MQ=255) gCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCtgt < 2:5019116/150‑1 (MQ=255) 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cccacccCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCTGTGGcgcg > 1:2874178/1‑150 (MQ=255) cccacccCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCTGTGGcgcg > 1:2738641/1‑150 (MQ=255) ccacccCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCTGTGGCGCgg > 2:19434/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCtgtg < 1:6330975/139‑1 (MQ=255) cccAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCtgtg > 2:6330975/1‑139 (MQ=255) 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ccAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCTGTGGCGCGGACATaa < 1:5366398/150‑1 (MQ=255) aGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCTGTGGCGCGGACATAAgc > 1:4989801/1‑150 (MQ=255) | CGATACCGAGTGCCTTGCCTATGGAAAGCCGCCTGCTGAGCGAGCGCAGTAGCGTGTTTCACCACGCCGACCCTTACGCTGTGTCCGATTATGTGAACCAGCATGTAGGCCAGCATTGCATCGGTCTGTCCCGCACCACCCACCCCCAGGCCAGCCTCAGCCATCGCAAGTTCGCCGAGCTCGACCTGTGCCGTATCAGCTATGGCGGCAGTGTTCGCGTGACGTCGCCCGCGCTGGAAACCATCTACCACCTGCAAGTCTTGCTCAATGGCAACTGCCTGTGGCGCGGACATAAGC > NC_002947/3581811‑3582107 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |