Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,724,769 | T→A | 5.0% | Y21N (TAT→AAT) ‡ | PP_3288 → | universal stress protein family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,724,769 | 0 | T | A | 5.0% | 1083.0 / 29.4 | 314 | Y21N (TAT→AAT) ‡ | PP_3288 | universal stress protein family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (178/120); new base A (2/14); total (180/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
GGTAGGTGCCTTGAGTTGATAAACATCAAGTTCGCAACGTGTAGCTGGCAGATGCTCTACCTACGTATCGCAACCTCAGAGGTGTGCCATGGAAACTCCGCAAAGACTGCTGCTGATCGCCTCCCCCCTGATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAA > NC_002947/3724621‑3724918 | ggTAGGTGCCTTGAGTTGATAAACATCAAGTTCGCAACGTGTAGCTGGCAGATGCTCTACCTACGTATCGCAACCTCAGAGGTGTGCCATGGAAACTCCGCAAAGACTGCTGCTGATCGCCTCCCCCCTGATGCGCCGAACCCCGGTCTa < 1:1021549/150‑1 (MQ=255) gTAGGTGCCTTGAGTTGATAAACATCAAGTTCGCAACGTGTAGCTGGCAGATGCTCTACCTACGTATCGCAACCTCAGAGGTGTGCCATGGAAACTCCGCAAAGACTGCTGCTGATCGCCTCCCCCCTGATGCGCCGAACCCCGGTCTAt < 2:3938759/150‑1 (MQ=255) gTGCCTTGAGTTGATAAACATCAAGTTCGCAACGTGTAGCTGGCAGATGCTCTACCTACGTATCGCAACCTCAGAGGTGTGCCATGGAAACTCCGCAAAGACTGCTGCTGATCGCCTCCCCCCTGATGCGCCGAACCCCGGTCTATGAcc > 1:831846/1‑150 (MQ=255) 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cccccTGATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGa < 2:80110/150‑1 (MQ=255) ccccTGATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAg > 1:523142/1‑150 (MQ=255) cccTGATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAgg < 2:8261272/150‑1 (MQ=255) cTGATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGt < 2:5527970/150‑1 (MQ=255) tGATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGtt < 1:5850170/150‑1 (MQ=255) gATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTa > 2:1309369/1‑150 (MQ=255) gATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTa > 1:5674879/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACg < 1:7420224/150‑1 (MQ=255) gcCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGACTGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCCCGGCGGGCCTGGTGACTGACCAGGCGCTGGCAGTCCTGCGCGAGGGTTACGTgc > 1:956919/1‑150 (MQ=255) ccGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTgca > 2:1968216/1‑150 (MQ=255) gAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTgcagc < 1:1728014/150‑1 (MQ=255) ccccGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTgcagcagc < 2:4471616/150‑1 (MQ=255) ccccGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTgcagcagc > 1:8487345/1‑150 (MQ=255) cccGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGGCTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTgcagcagca > 1:3609265/1‑150 (MQ=255) cccGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAg > 2:2511446/1‑112 (MQ=255) cccGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTgcagcagca > 1:8886876/1‑150 (MQ=255) cccGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTgcagcagca > 2:6184340/1‑150 (MQ=255) cGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCAcc > 1:7915610/1‑150 (MQ=255) cGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCAcc > 1:8108735/1‑150 (MQ=255) cGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCAcc > 1:4679267/1‑150 (MQ=255) tATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGaa > 2:5104985/1‑150 (MQ=255) tATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTGACGTGCAGCAGCGCCGTGaa > 1:2639396/1‑150 (MQ=255) | GGTAGGTGCCTTGAGTTGATAAACATCAAGTTCGCAACGTGTAGCTGGCAGATGCTCTACCTACGTATCGCAACCTCAGAGGTGTGCCATGGAAACTCCGCAAAGACTGCTGCTGATCGCCTCCCCCCTGATGCGCCGAACCCCGGTCTATGACCGGGCTGCTGCGCTGGCCAAGGCCAAGGGAATGGCGCTGCACATCGTCGCTTTCGACTACGTGGAAGGGCTTGCCACGGCGGGCCTGGTGAATGACCAGGCGCTGGCAGTCATGCGCGAGGGTTACGTGCAGCAGCACCGTGAA > NC_002947/3724621‑3724918 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |