| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,778,338 | 0 | T | G | 17.4% | 414.3 / 26.0 | 208 | intergenic (+55/‑88) | PP_3338/PP_3339 | cytochrome bd‑type quinol oxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/97); new base G (26/15); total (96/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GTCGATCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCT > NC_002947/3778190‑3778487 | tCGATCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTgc < 2:5785185/150‑1 (MQ=255) tCGATCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTgc < 1:8401507/150‑1 (MQ=255) aTCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGcc < 1:3287795/150‑1 (MQ=255) 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ggCTTCTTGCTGGTCGGCACACTGTTCCTCCGGCCCCGTTGGCTTGGCTCATCCGACTGTTCCGGTTGCCCGCCGGCATGCGCAGCATTTGCGCCCTCGCGGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGc < 2:1676068/150‑1 (MQ=255) ggCTTCATGCTGTTAGGCACCCGGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGTTCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGCGCCCTCGCCGGGGGGCGCCTGCTAAAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGc < 2:4389337/150‑1 (MQ=255) gCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCCCCAGCGACAAAAATGCGCACCACGGAACTAGTACACCCCCCa > 2:643655/1‑150 (MQ=255) ttCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCAGCGACAAAAAGGCGCCCCACGCAACGTGTACAGCCCGCAAc > 2:901083/1‑150 (MQ=255) cATGGTGGTAGGCACACTGTACATCCTGCCCCGTGGGCGTGGCTTATCCGCGTTTTCAGGATGGCCGCGGGAATGCGCATCAATTTCGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCTACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACgg < 2:7067418/150‑1 (MQ=255) 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tgCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACct > 2:6363949/1‑150 (MQ=255) | GTCGATCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCT > NC_002947/3778190‑3778487 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |