| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,778,360 | 0 | A | C | 10.6% | 569.3 / 11.7 | 235 | intergenic (+77/‑66) | PP_3338/PP_3339 | cytochrome bd‑type quinol oxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (93/111); new base C (16/15); total (109/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGACCGT > NC_002947/3778212‑3778509 | cgccgcCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACg < 2:5118274/150‑1 (MQ=255) gccCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGGGCGCCGGCGCCCAAAAGGCGCCCCCCGGacc > 2:3318799/1‑148 (MQ=255) ccccAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCCCGGTACt > 2:4291194/1‑150 (MQ=255) 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acacTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCAGCGACAAAAAAGCGCCCCCCGGAACAATTAAAGCCCCCCAAGGATTCGGCGTAAtt > 2:4625012/1‑149 (MQ=255) acacTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGACCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCGGCGACAAAAACGCGCACCACCGAAAATGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCGTAATg > 1:9167605/1‑150 (MQ=255) aTCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCGGCGACAAAAAGGCGCCCCACGGAACATGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTGAATGCGCGCCaaa > 2:8269296/1‑148 (MQ=255) tCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACCGAAAATGTACAGCCCGCAACCGATGCGGCTTAATTCGCGCCatat > 2:1319329/1‑150 (MQ=255) tCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGGGCGCCGGCGACAAAAAGGCGCACCCCCGAACTTGTACAGCCCCCCACCGCTGGGGCGGAATTCGCGCCctat > 1:2846749/1‑150 (MQ=255) 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accacGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGACCGt < 1:7902/150‑1 (MQ=255) | GCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGCGACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAACCTGCTGGCGATGCCGCTTGACCGT > NC_002947/3778212‑3778509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |