| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,824,695 | G→C | 53.2% | L152V (CTG→GTG) | kguT ← | 2‑ketogluconate transporter, putative |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,824,695 | 0 | G | C | 53.2% | 105.8 / inf | 404 | L152V (CTG→GTG) | kguT | 2‑ketogluconate transporter, putative |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (88/100); new base C (106/109); total (195/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 406 total aligned reads displayed.
CGCTCAGCCAAGCCACCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGCCTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCGATCAGCATGTAG > NC_002947/3824548‑3824843 | gctcAGCCAAGCCACCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCGGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAAt < 2:5351153/150‑1 (MQ=255) ctcAGCCAAGCCACCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATg < 1:1317246/150‑1 (MQ=255) ctcAGCCAAGCCACCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACACAATg < 1:1196803/150‑1 (MQ=255) gccaagccaCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACACAATGGTCa > 2:5779944/1‑150 (MQ=255) gccaagccaCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACACAATGGTCa > 2:4450122/1‑150 (MQ=255) ccaagccaCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACACAATGGTCAc < 1:1374160/150‑1 (MQ=255) caagccaCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACACAATGGTCAcc > 2:3301963/1‑150 (MQ=255) aagccaCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCg > 1:5732414/1‑150 (MQ=255) aagccaCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACACAATGGTCACCg > 2:3200364/1‑150 (MQ=255) agccaCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACACAATGGTCACCgg > 2:2846618/1‑150 (MQ=255) ccaCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGt > 2:4856225/1‑150 (MQ=255) caCCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGtt < 2:8438746/150‑1 (MQ=255) cTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGcc > 1:4153649/1‑150 (MQ=255) 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ccaccGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGACTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGc < 2:5241117/150‑1 (MQ=255) caccGACATCCACACAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGCCTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGcc > 2:8608718/1‑150 (MQ=255) accGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGACTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCg > 1:2661566/1‑150 (MQ=255) cGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGACTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCGAt > 2:3248484/1‑150 (MQ=255) cGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGACTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCGAt < 2:1456300/150‑1 (MQ=255) 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caGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGACTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCGATCAGCATGTa < 1:7817799/150‑1 (MQ=255) aGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCACCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGACTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCGATCAGCATGTAg > 1:987633/1‑150 (MQ=255) | CGCTCAGCCAAGCCACCTGGGCCGGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGCCTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCGATCAGCATGTAG > NC_002947/3824548‑3824843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |