| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,949,913 | A→C | 7.5% | C34W (TGT→TGG) | PP_3483 ← | type II secretion system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,949,913 | 0 | A | C | 7.5% | 530.1 / 3.1 | 196 | C34W (TGT→TGG) | PP_3483 | type II secretion system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/57); new base C (4/15); total (121/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GTGTCGGGGGTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGG > NC_002947/3949764‑3950062 | gtgtCGGGGGTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATca < 2:181501/150‑1 (MQ=255)gtgtCGGGGGTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATca < 1:6959054/150‑1 (MQ=255) tgtCGGGGGTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGTTCCCACAGGTACATcac < 1:6733290/150‑1 (MQ=255) gtCGGGGGTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATcaca < 2:5503600/150‑1 (MQ=255) gtCGGGGGTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATcaca < 1:1476139/150‑1 (MQ=255) gggggTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCGCAGGGACATCCCAggg > 2:8536114/1‑149 (MQ=255) gggggTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGt > 2:5180760/1‑150 (MQ=255) gggggTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGt < 2:2367466/150‑1 (MQ=255) gggggTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCGCCCACAGGTACGTCACAGGt > 1:1062905/1‑150 (MQ=255) gtgtCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCtgt < 1:1864977/150‑1 (MQ=255) gtgtCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCtgt < 1:4571919/150‑1 (MQ=255) tgtCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCtgtg < 1:9158298/150‑1 (MQ=255) tgtCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCtgtg < 1:5407726/150‑1 (MQ=255) tCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCGCAGGTCTGTggg > 1:4489524/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTggg > 2:5020926/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCGGGACAGCCCAGGTGTGGGGGCt > 1:424474/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTCCATCACAGGTCTGTGGGCt > 1:7250090/1‑150 (MQ=255) caggccaggcGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACCTCACAGGTCTGTGGGCTg > 2:4908233/1‑150 (MQ=255) 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cAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATcctgtgg > 2:68498‑M2/1‑143 (MQ=255) cAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATcctgtgg > 1:8288315‑M2/1‑143 (MQ=255) aGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCGGTACATCACAGGTCGGTGGGCGGCATACAAccggtggg < 2:1728047‑M2/150‑9 (MQ=255) aGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATccggtggg < 2:7589970‑M2/150‑9 (MQ=255) gTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCCTGCCCGCGCCCACAGGGACATCACAGGGCTGTGGGCTGCATACATcctgtgggagcgg < 1:7691370‑M2/150‑14 (MQ=255) 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acaGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAggg > 1:6240060/1‑150 (MQ=255) | GTGTCGGGGGTGTCGCAGGCCAGGCGTTCCAGGCAGTCGAGCAGGCGCTCGTCAGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGG > NC_002947/3949764‑3950062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |