Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,152,000 | 0 | A | T | 6.9% | 430.1 / 5.7 | 150 | intergenic (+33/‑364) | PP_3654/PP_3655 | leucine‑responsive regulatory protein/cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/74); new base T (6/4); total (72/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TGCCGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCC‑TCTTGTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCGCCTGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGG‑AG‑CGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCA‑CCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCGCCGCCCC > NC_002947/4151852‑4152148 | tGCCGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCC‑TCTTGTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTaa > 2:5844740/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCC‑TCTTGTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTaa < 2:2328541/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCC‑TCTTGTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTaa > 1:3597245/1‑150 (MQ=255) 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gaagTGATCCAGGATGGTTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCC‑TCTTGTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCGCCTGA‑AACGGTTACGTAGCCGGTCGCAGG‑AG‑GGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGc < 2:124090/150‑1 (MQ=38) agTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCC‑TCTTGTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCGCCTGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGG‑AG‑CGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGccc < 2:8933203/150‑1 (MQ=255) gTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCC‑TCTTGTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCGCCTGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGG‑AG‑CGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCt < 2:3631111/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGTGCGCCCCCGGTAGCGGTGTCC‑TCTGGGGCCGGCCCCGTCGC‑GGGTACC‑CCCGCGCCTGC‑AACGGTGCCGTAGCCCGTCGCAGG‑AG‑CGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAAcgc < 2:9086547/150‑1 (MQ=37) ttGCTCCCCTTGT‑GTTGTTCCCTTGTGGTGCGGCCCCCTGCGG‑GGGTAAA‑CCCGCGCCTGC‑AAGGGTGTGGTGGCCGGTCGATGG‑CG‑GGTGTTTACCCGCGATGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATc < 1:7205098/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |