Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,258,314 | T→C | 5.1% | I187V (ATC→GTC) ‡ | PP_3729 ← | amino acid‑binding protein‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,258,314 | 0 | T | C | 5.1% | 823.1 / 18.9 | 251 | I187V (ATC→GTC) ‡ | PP_3729 | amino acid‑binding protein‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (115/123); new base C (7/6); total (122/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCACCGT > NC_002947/4258165‑4258463 | gcccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGAt > 2:907104/1‑150 (MQ=255) gcccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGAt < 2:4152710/150‑1 (MQ=255) gcccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGAt > 1:1691296/1‑150 (MQ=255) cccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATg > 2:7802309/1‑150 (MQ=255) ccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGa > 2:8461845/1‑150 (MQ=255) cgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGaa < 2:7423536/150‑1 (MQ=255) gccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAAc < 1:5031401/150‑1 (MQ=255) ccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATCTCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAAca < 2:7216754/150‑1 (MQ=255) ccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAAca < 2:1189057/150‑1 (MQ=255) cTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAAcag < 1:8389460/150‑1 (MQ=255) ggTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAAcagca < 1:4627113/150‑1 (MQ=255) ttCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACagcagc < 2:3747423/150‑1 (MQ=255) aTCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCg < 1:5183716/150‑1 (MQ=255) aTCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCg < 1:4048120/150‑1 (MQ=255) tCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCgg > 2:137165/1‑150 (MQ=255) ccGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGt < 1:5646756/150‑1 (MQ=255) cGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCACCGGGCTGCTGTTCATCGAACACCTGCCCgggg < 2:7258589/150‑3 (MQ=38) aCTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCACCGGGCTGCTGTTCATCGAACACCTGCCCGGGgcgcagga < 2:6466191/150‑5 (MQ=37) 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ggTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGc > 1:4320536/1‑150 (MQ=255) gTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCt > 2:275214/1‑150 (MQ=255) tGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCg > 2:5732809/1‑150 (MQ=255) gTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGa > 1:1205855/1‑150 (MQ=255) cgATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAAtt > 2:4932138/1‑150 (MQ=255) 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tCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCg < 2:2234269/150‑1 (MQ=255) gcgcACCGGGCTGCTGTTCATCGAACACCTGCCCGGGGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACt > 1:3201605/1‑150 (MQ=38) gcgcACCGGGCTGCTGTTCATCGAACACCTGCCCGGGGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACt > 1:7819214/1‑150 (MQ=38) caccGGGCTGCTGTTCATCGAACACCTGCCCGGGGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGACGCGGTCGAACTCgg > 2:6195372/3‑150 (MQ=38) cccGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGgc < 1:6149403/150‑1 (MQ=255) cccGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAAGTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGgc > 2:3475090/1‑150 (MQ=255) cGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGgcgc < 2:3517187/150‑1 (MQ=255) cGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGgcgc > 2:8941809/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCAt < 2:2045516/150‑1 (MQ=255) gtTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCttt < 2:751579/150‑1 (MQ=255) ttCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTc > 2:6924781/1‑135 (MQ=255) ttCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTc < 1:6924781/135‑1 (MQ=255) ttCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTc > 2:1792352/1‑150 (MQ=255) gATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCAcc > 1:217831/1‑150 (MQ=255) gATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCAcc < 1:8461846/150‑1 (MQ=255) gATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCAcc > 2:5599337/1‑150 (MQ=255) gATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCAcc > 2:8221938/1‑150 (MQ=255) gATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCAcc > 2:8222084/1‑150 (MQ=255) gATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCAcc < 1:4927904/150‑1 (MQ=255) gATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGAAACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCAcc > 1:7311098/1‑150 (MQ=255) | GCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCTTTCACCGT > NC_002947/4258165‑4258463 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |