| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,342,049 | 0 | A | G | 43.7% | 84.7 / 165.0 | 134 | intergenic (+68/‑263) | ribAB‑II/PP_3814 | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/polyamine ABC transportersubstrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/40); new base G (36/22); total (71/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCCGGC > NC_002947/4341900‑4342198 | gccgcTGAAATACGCGGGGCTGGGGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCGTCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGG‑TCACCCGCGAATGCGAGGGTGacac > 2:4194359/1‑150 (MQ=255) gcTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGAcacca < 1:1563582/150‑1 (MQ=255) tGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACaccacc < 2:5199353/150‑1 (MQ=255) 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gcgAATGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCt > 1:1272564/1‑150 (MQ=25) gcgAATGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCt > 1:1272357/1‑150 (MQ=25) gcgAATGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTATTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCt > 1:4956188/1‑150 (MQ=25) gcgAATGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGTTATCCCGTAGACCt > 1:6180920/1‑150 (MQ=255) gcgAATGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCt > 2:5462208/1‑150 (MQ=255) 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accaccGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCCGGc < 1:7745318/150‑1 (MQ=255) | GCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCCGGC > NC_002947/4341900‑4342198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |