| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,448,457 | G→C | 5.6% | Y358* (TAC→TAG) | nicC ← | 6‑hydroxynicotinate 3‑monooxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,448,457 | 0 | G | C | 5.6% | 1022.8 / 35.6 | 302 | Y358* (TAC→TAG) | nicC | 6‑hydroxynicotinate 3‑monooxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/142); new base C (7/10); total (150/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
GCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATGGCCAT > NC_002947/4448308‑4448606 | ccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTa < 1:9091996/150‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTa < 1:4358718/150‑1 (MQ=255) gccgccATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGc < 2:6330997/150‑1 (MQ=255) 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gTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTg < 1:6865019/150‑1 (MQ=255) gTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTg < 1:992499/150‑1 (MQ=255) aaTGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGa < 1:6315288/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATAc < 2:2158802/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATAcc < 1:3218725/150‑1 (MQ=255) 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cATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTg > 1:1244761/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGa < 2:729400/150‑1 (MQ=255) gcgcTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATg > 2:8777449/1‑150 (MQ=255) gcTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGcc > 2:7843240/1‑150 (MQ=255) gTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGctct > 1:1875169/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |