| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,588,050 | C→T | 11.2% | intergenic (+167/+50) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,588,050 | 0 | C | T | 11.2% | 558.8 / 48.7 | 205 | intergenic (+167/+50) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (93/88); new base T (9/14); total (102/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAA > NC_002947/4587903‑4588198 | ccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGccc > 1:8393690‑M1/83‑150 (MQ=255)cGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCcc > 2:8376329‑M2/1‑148 (MQ=255) cggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGcccc > 2:1580610‑M1/82‑150 (MQ=255) cggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGcccc > 1:5534328‑M1/82‑150 (MQ=255) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGCGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCGGTccct > 2:3607195‑M2/1‑146 (MQ=255) ggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCt > 1:1469811‑M1/81‑150 (MQ=255) ggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTg > 2:3751890‑M1/80‑150 (MQ=255) gcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTg > 2:2322933‑M1/80‑150 (MQ=255) gcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCGACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTg > 2:6154376‑M1/80‑150 (MQ=255) caaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg > 1:1089‑M1/79‑150 (MQ=255) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCGCTTCGCGGGGTAAACCCCCCCAAACAAGGGACC‑AGGCGCCCCTGAATTC‑GGGGCAGCCCCggg > 1:4558683/1‑150 (MQ=255) aaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGt > 2:8687005‑M1/78‑150 (MQ=255) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggta > 2:3064553‑M2/1‑142 (MQ=255) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTa > 2:5036285‑M1/77‑150 (MQ=255) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatcggcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTa > 1:164675‑M1/77‑150 (MQ=255) ggtgcagaaggtccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagatcgcggcggcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTACACCCGCTCCTACCCGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAg > 2:2165427‑M1/76‑150 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtag > 1:886669‑M2/1‑141 (MQ=255) aGCCGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGCTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGAACGGGCCGGCCTCTCCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtag > 2:5655350‑M2/1‑141 (MQ=255) 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tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgg > 1:5784294‑M2/1‑135 (MQ=255) cTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcggg > 2:8445723‑M2/1‑134 (MQ=255) cTGCGCTGCTCCATCGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAACCCCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCCG‑CATTCAAGGCCGGCACGGTccctggtaggagcggg > 2:4383264‑M2/1‑134 (MQ=255) gcgcGGCTCCATGGCCCGGTTGAGGCTGACCGGGTGCGTGGCACGGGGAAGATCTTGCATGGAGCGGGCCGGCCTCGTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCGACCCGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtt > 2:5002738‑M2/1‑132 (MQ=255) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGAGGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggttt > 1:8981022‑M2/1‑131 (MQ=255) 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agatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCt < 2:2596930‑M1/70‑1 (MQ=255) aaaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCcc < 2:8851525‑M2/120‑3 (MQ=255) TCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCa < 2:1438449‑M1/150‑1 (MQ=255) GC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCAt < 2:603842‑M1/150‑1 (MQ=255) GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGc < 2:6859697‑M1/150‑1 (MQ=255) 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cAGGGACCGTGCCGGCCTAGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcacctagccaagcacccggtcatcatcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttc < 2:8209435‑M2/150‑118 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 2:7514003‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:4616811‑M1/150‑1 (MQ=255) aGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttca < 1:3031412‑M2/150‑119 (MQ=255) aGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttca < 2:5863238‑M2/150‑119 (MQ=255) 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CGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAA > NC_002947/4587903‑4588198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |