Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,589,668 | A→C | 7.3% | S39A (TCC→GCC) ‡ | PP_4063 ← | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,589,668 | 0 | A | C | 7.3% | 897.1 / 39.1 | 268 | S39A (TCC→GCC) ‡ | PP_4063 | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (126/121); new base C (6/14); total (133/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCACGGC > NC_002947/4589519‑4589816 | cAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGa < 2:7993624/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGacac < 1:2610722/150‑1 (MQ=255) tGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCGGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACAcc > 1:50215/1‑150 (MQ=255) 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cAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTc > 1:4654516/1‑150 (MQ=255) aGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTcc < 1:7525801/150‑1 (MQ=255) tGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCctt > 2:59544/1‑150 (MQ=255) tGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCctt > 2:4947664/1‑150 (MQ=255) gTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCctgc > 1:1911046/1‑148 (MQ=255) aCGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTGCCTTCTtg > 1:3424430/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTtgt < 1:4494045/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAg < 2:565735/65‑1 (MQ=255) gCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAg > 1:565735/1‑65 (MQ=255) gaGGCCCTGGTGTCCCGCCACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTgg > 1:5872052/2‑150 (MQ=255) cccTGGTGTCCCGCCACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATgg > 2:5270228/1‑130 (MQ=255) cccTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGgttgt < 1:604379/150‑1 (MQ=255) ggtggCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTg < 1:2097991/150‑1 (MQ=255) ggtggCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTg < 1:772319/150‑1 (MQ=255) gtggCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTgg < 1:4372969/150‑1 (MQ=255) gtggCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTgg < 2:673711/150‑1 (MQ=255) gtggCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGCCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTgg < 2:2984131/150‑1 (MQ=255) cGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCAc > 1:4050474/1‑150 (MQ=255) cGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCAc < 2:6067544/150‑1 (MQ=255) gggACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCACg > 2:3371881/1‑150 (MQ=255) gACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCACGGc > 2:2866203/1‑150 (MQ=255) | CAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCACGGC > NC_002947/4589519‑4589816 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |